11月26日，繼早前撤回香港理工大學擴建工程的撥款專案後，港府財經事務及庫務局去信立法會財務委員會，決定撤回中大和港大翻新及興建醫學大樓的2.5億元撥款專案，並解釋是因有議員對該兩個專案表示關注，故決定撤回撥款建議，為了讓食物及衛生局有更多時間向議員解說，會爭取儘快在這個立法年度內，將撥款建議再提交財委會考慮。
受影響的兩項撥款，包括中大在大埔第39區興建一座教學科研綜合大樓的5970萬元，以及港大提升設施和發展醫學院校區的近2億元。有關撥款原定上周五(22日)於財委會審議，但當時尚未處理。
這次是港府兩周內第三度撤回大學工程專案撥款。11月15日，港府臨時撤回理大擴建工程撥款申請，表示“需要更多時間解說"。11月19日，港府稱理大因近日事件而需檢視工程時間表，又再撤回擴建理大圖書館的3.4億元撥款。
對此，政務司長張建宗曾在記者會上表示，撤回撥款只是重新編排次序，因為有些撥款更急切需要處理。