1949年初，在解放军取得三大战役的胜利剑指长江之际，刚过而立之年的国民党政府国防部五厅上尉黄仁宇，随国防部从南京撤往广州。这位多年以后以美籍身份写出《万历十五年》的著名历史学家，在那个农历己丑年的人生选择，和很多在南京供职的人士一样，面对变幻的时局，走，还是不走？
　　不独黄仁宇这样的政府公职人员，事实上，随着战局的演变，对首都南京而言，国民政府南迁广州对整个社会的心理影响都是巨大的。很多有条件的家庭，都在根据自己的经济实力选择南迁的路径，上海，广州，桂林，香港，台北，甚至国外，都是他们的目的地，中国现代史上一股人口流动狂潮就此掀起。
　　和黄仁宇南迁差不多相同的时间，21岁的金陵大学外文系二年级学生余光中，跟随母亲离开南京迁居上海，再去厦门大学入读，当年7月又迁香港。一年之中，这位未来的乡愁诗人流离四城，虽然靠着家底没有失所之虞，但离乡背井的仓皇，恰是1949年很多南京外迁人士的写照。
　　国共和谈在4月20日最后破裂，仍然在京的“中央各机关”开始紧急疏散。查阅1949年4月21日的《申报》报道，政府职员凡是不愿南迁广州而留在南京的，每人发疏散费金圆券500万元；自动向指定地点疏散，交通工具自找的，发疏散费300万元；愿意随政府南迁的，交通工具统筹办理，发给疏散费30万元。
　　在有权的政府高官和有钱的地主富商各显神通往南跑的时候，中央研究院院士这个知识分子群体的是走是留，颇为引人注目。1928年成立的中央研究院（简称中研院）隶属国民政府，是中华民国的最高学术研究机关，首任院长蔡元培。1948年首批中研院院士共81人经民主推选产生，其中数理组院士28人，生物组院士25人，人文组院士28人。李四光、竺可祯、陈省身、华罗庚、茅以升、童第周、苏步青、陈寅恪、冯友兰、赵元任、梁思成、郭沫若、胡适、傅斯年……随便哪一个名字，都是当时中国学术界最出色的人才。有人曾这样评价当时的中研院：“生物组接近世界最高水平，数理组与世界顶尖水平不相上下，人文组几乎达到世界一流水平。”
　　这样一批顶尖的学术精英，国民党政府是相当重视其去留的标志性意义的。在他们眼里，黄金要抢运，故宫文物要抢运，学术精英同样要抢运。
　　如今，南京市民在绿意盎然的鸡鸣寺旁，北京东路39号，可以看到挂着江苏省科技厅牌子的一组民国建筑，那儿正是昔日中央研究院总办事处以及地质研究所、历史语言研究所和社会科学研究所所在地（当时是鸡鸣寺一号）。这座由建筑大师杨廷宝设计的仿明清宫殿式建筑，建于1947年，完工还不到两年，身居其中的学者们刚刚结束几年前因抗战而颠沛流离的生活，此刻，又将面临新的选择：去台湾，还是不去。
　　中研院向台湾搬迁，从1948年12月起就开始了，几乎与故宫文物从南京迁台同一时间。但是不同的是，故宫文物是死东西，想搬就可以搬，而中研院最大的财富－－院士，都是活生生有思想的人。
　　1948年12月15日，一架专机从北京南苑机场起飞，飞抵南京明故宫机场，机上有两位中研院院士：北大校长胡适和清华教授陈寅恪。颇具意味的是，这两人此行都没有将台湾作为外迁的目的地，陈寅恪只在南京住了一晚即去上海，然后南下广州受聘于岭南大学。而胡适，在南京呆到1949年初后去了上海，最后离沪赴美，永远离开了中国大陆。
　　12月21日，第二批被“抢救”的学人由清华大学校长梅贻琦率领，同机到达南京的有24位教授。
　　1949年1月19日，中研院历史语言所所长傅斯年只携带部分亲人和主要生活用品，从南京明故宫机场乘飞机去了台湾，出任台湾大学校长。傅斯年行前并非认为是与大陆永别，他将很多图书、家产以及亲戚都留了下来，希望赴台只是“暂时去看看”，因为他觉得共产党绝无可能突破长江天险。傅斯年这一去，再也无缘回到鸡鸣寺一号的中研院大院。
　　对于这些精英知识分子，国民党固然是全力抢运，但相当一部分的中研院院士，由于对国民党统治的极度失望，不想随院所一起迁往台湾。社会学所所长陶孟和向中研院代院长朱家骅的搬迁决定率先发起了挑战，他提出，搬不搬要和全所同人商量，以多数人的意见为重。结果，社会学所以“全所人员多一票”的结果决定不迁。朱家骅强令陶孟和同意迁桂林，但陶置之不理。中研院地质所代所长俞建章，虽然以国民党部区部书记之身，服从了朱家骅关于地质所迁广州的决定，但此时在英国讲学的李四光所长对此表示反对。1949年1月末，李四光给俞建章发来专电，他认为“只好任有志者前往；若为地质所同人避乱似无多大意义，我个人绝不赞成。”
　　翻开毛泽东选集第四卷，能读到《丢掉幻想，准备斗争》这样一篇文章，写于1949年8月14日。毛泽东在文中说，“为了侵略的必要，帝国主义给中国造成了数百万区别于旧式文人或士大夫的新式的大小知识分子。对于这些人，帝国主义及其走狗中国的反动政府只能控制其中的一部分人，到了后来，只能控制其中的极少数人，例如胡适、傅斯年、钱穆之类”，此时，胡在美国，傅在台湾，钱在香港，在毛泽东眼中，他们成为跟着帝国主义和国民党政府走的代表。另一方面，毛泽东则在文中接着强调“其他都不能控制了，他们走到了它的反面。学生、教员、教授、技师、工程师、医生、科学家、文学家、艺术家、公务人员，都造反了，或者不愿意再跟国民党走了”。
　　就中研院而言，院里14个单位，成建制迁台的只有管理机构中央研究院总办事处和历史语言研究所，占中央研究院14个单位的14％，其余11个自然科学研究所以及社会学所，全部留在了内地。至于中央研究院81位院士的去留，去台湾者9人，占院士总数的11．9％；去美国工作的12人，占院士总数的15％；留在内地迎解放的60人，占院士总数的74％。