自古以来，中华大地上就有着许多民族繁衍生息共同生活。中国传统社会时期的王朝除了在地方上以流官进行统治外，还有许多因地制宜、因时制宜而产生的特殊官制。例如中国西南施行的土司制度和西藏地区的僧官制度等，其中颇具地方民族和宗教信仰色彩的，莫属新疆地区的伯克制度。
伯克制度是19世纪末以前新疆回部实行的官制，主要通行于维吾尔（回人及塔兰奇）、柯尔克孜、塔吉克等族地区。伯克一词是突厥语音译，原意为“首领”。“伯克”原本来自于回鹘（也称回纥）政权对于官吏的称呼，唐宋时期这一称谓就已经出现。一般认为，回鹘人是今天维吾尔族的先祖。清代以前，伯克“惟序坐次以相统属，无服色崇卑之别。亦无贡赋、养廉额数，均视其所辖回民之多寡贫富，恣意索取，不知抚恤。”后来中亚一些城市的统治者也借用这一名词，自称为伯克。
至明代以后，西域天山南路的世俗官僚也称为伯克。大小和卓统治回部期间，回部土官和宗教僧侣对地方多有欺压，鱼肉一方。在平定大小和卓的过程中，清廷开始任命各城伯克，以鄂对为阿克苏的阿奇木伯克、霍集斯为和阗阿奇木伯克，给三品顶戴。清乾隆二十四年（1759年）大小和卓之乱基本平定，清廷保留了回部原有的伯克官职，并加以改革，将其纳入清朝的官制体系。 6park.com
此后清廷对原有的伯克官制进行改革。其改革内容包括：废除伯克世袭制，改为流任；确定伯克的秩品和仪制。伯克最高为正三品，最低为七品。四品以上的阿奇木、伊什罕等伯克穿着内地官服，与满汉官员一样薙发留辫，并祭拜孔子；四品以上伯克须轮流进京朝觐皇帝，称为“年班”；实行回避制度，大伯克不得在本城任职，中小伯克不得在本村任职；伯克的官职待遇在许多方面与中原官职几无差别。为防之地方上伯克们横征暴敛，朝廷也按照内地官职的样例发给养廉银。
从这一系列的改革可以见得，清廷的举措加强了对于地方伯克官职的任免与控制，加强了中央遥控的力度，也巩固了边疆地区与内地的政治联系。通过政治管理，新疆地区与内地的经济、文化来往也日益增加，各民族间的往来也愈发频繁。
同治新疆回乱和阿古柏入侵后，伯克制度趋于瓦解。光绪十年（1884年）新疆建省，清廷下谕废除各级伯克，新疆全境实行与内地相同的官僚体制。