1944年4月，在苏联驻伊宁领事馆的支持和帮助下，“伊宁解放组织”成立，主席为苏联籍乌兹别克人艾力汗·吐烈。

1944年8月，苏联鞑靼族侨民帕提赫·莫里斯莫夫组织巩哈游击队，发起“巩哈暴动”。

10月7日，游击队攻占巩哈县城，伊宁驻军主力1600人调往巩哈平乱。苏联侨民铁伊·伊凡诺维奇·列斯肯在果子沟组织游击队，形成战略呼应。

11月6日，在得到苏联驻伊宁领事馆的帮助下，苏联军官阿列克山德洛夫率军从霍尔果斯潜入伊宁，同“伊宁解放组织”组成军事指挥部。同日，列斯肯占领芦草沟，切断迪伊公路。

11月7日，伊宁事变爆发，外有巩哈游击队进攻，内有苏军和武装人员呼应，驻军中少数民族士兵哗变。

11月9日，伊宁驻军负责人曹日灵电告朱绍良内有：“名为剿匪，实为国际战争”、“市区土匪全为归化人及塔塔尔族，以其领事馆作根据地，所获武器系苏联制造”。

11月10日，伊宁全城被攻占，守军残部及汉族官员、平民约8000人撤至城郊机场及艾林巴克、鬼王庙两处高地，等待救援。

11月12日，“伊宁解放组织”召开大会，宣布成立“东突厥斯坦共和国”临时政府，主席为艾力汗·吐烈，副主席有包尔汉等。

1945年1月5日，艾力汗·吐烈宣布“东突厥斯坦共和国”脱离中华民国而独立。

1月31日夜，国民政府伊宁区长兼守备指挥官杜德孚率残部及千余平民从伊宁据点突围。至皮尔清沟，被叛军追击。最终，杜孚德重伤自尽，所率军民仅二百余人突围生还。

2月1日，在苏军的帮助下，民族军攻占艾林巴克。7月31日，攻占塔城。

伊宁事变爆发后，大批极端民族主义者以“杀回灭汉”为口号，四处残杀汉族和回族人，东北籍汉人几乎被杀绝。张治中曾记述道：“三区汉人被杀的很多，有些地方只剩了老弱妇孺数十人，在伊宁残留的汉人中，也是老弱妇孺占大多数，青壮年都被杀光了”。关于伊宁事变中被害的汉回平民数量至今没有准确的统计.

此后苏联仍试图控制新疆地区，国军与三区军队隔玛纳斯河而武装对峙。

东突副主席[包尔汉称，“……以后尽管国民党不断破坏和平条款，企图派国民党占领三区，但是由于苏联的支持和各族人民的坚决斗争，这一企图始终没有得逞，直到1949年新疆和平解放，整个新疆才完全统一，三区军队改编成中国人民解放军”。

1949年，阿合买提江·哈斯木、阿不都克里木·阿巴索夫、伊斯哈克伯克·穆努诺夫、达列力汗·苏古尔巴也夫和罗志五人组成的“新疆民主同盟”先到阿拉木图，而后前往北平参加中国人民政治协商会议。

8月27日左右飞机在伊尔库茨克附近失事，五人全部死亡。阿合买提江等五人遇难后，新疆方面改派赛福鼎·艾则孜出席政协会议。

三区民族军于1949年12月20日正式编为中国人民解放军第五军，于1954年10月7日大部分成为新组建的新疆生产建设兵团一部分。
1959年，中华人民共和国政府拨出专款于伊宁市人民公园深处建立伊犁三区革命烈士陵园。

对于此次事件及其后事件的评定，看法普遍不同。

中华民国政府和众多民众对此次事件虽无明确定性，但从用语上可判断普遍认定该事件为民族主义者叛乱。

中国共产党对此次事件高度评价，誉其为“三区革命”。毛泽东的评价为：“三区革命是全中国人民民主革命的一部分”，“在新疆牵制了近十万国民党军队”，“伊犁、塔城、阿山三区人民的奋斗，对于全新疆的解放和全中国的解放，是一个重要的贡献”。

评分完成：已经给本帖加上 20 银元！