大约在旧石器时代就有人类进入今天的蒙古地区，其代表为大窑文化。然而直到前3世纪之前这个地区和周边发生的关系很少。




早期的亚洲大陆腹地的蒙古地区有四大以游牧为生的部落：丁零、月氏、匈奴、东胡。前209年，匈奴的冒顿单于建立了今蒙古地区历史上的第一个国家。匈奴成为强大的游牧部落，并与秦朝、汉朝长期对立。然而，强大的游牧帝国并没有长久。经过激烈的内部纷争和外来的军事打击后逐步走向衰落，虽然在新朝时期，由于赤眉、绿林起义而统一并连年入侵，但是后来在48年匈奴分成南北两个匈奴，155年在鲜卑人征伐下北匈奴崩溃，最终在158年被丁零人打败；在216年南匈奴被曹操一分为五。秦、汉帝国在漠南地区南部设置郡县。



鲜卑的渊源尚无定论，一说认为其属于汉文史料上所谓的东胡部落之一。在2世纪中期，鲜卑在檀石槐的领导下崛起，并而建立了鲜卑国，占领了蒙古地区和中国汉朝北部的一些地区。并进一步渗入魏晋时期的中国北部边疆，到五胡十六国时期。分别有有慕容鲜卑、秃发鲜卑、乞伏鲜卑、段氏鲜卑、宇文鲜卑、拓跋鲜卑建立的国家；386年，鲜卑的一支拓跋建立北魏，统一了五胡十六国之后的中国北部，维持统治直到581年。这个时期在蒙古地区活跃的民族还有敕勒。


402年，拓跋鲜卑的别支（奴隶）柔然的首领社仑称可汗。在之后的一百年中柔然称雄蒙古草原。北魏和柔然之间发生了多次战争。552年，柔然人在蒙古高原被突厥土门可汗击败，柔然汗国崩溃。





552年突厥击败柔然汗国成为蒙古地区的新兴王国。583年突厥分裂为东西两汗国。并在屡次与隋朝的战争战败而走向衰落（参见隋与突厥之战）；虽然在隋末唐初时因中国内乱而盛极一时并连年入侵，但是最终在630年，东突厥被唐朝征服并纳入疆域（安北都护府），但681年东突厥复国，并对武则天的武周连年入侵，对武周的边疆造成不同程度的摧毁。


回纥是敕勒的一小部分，原是突厥下属的部落。唐天宝三年（744年），以骨力裴罗为领袖的回纥联盟在唐帝国军队的协助下，推翻了突厥汗国，杀突厥白眉可汗 。一开始唐和回纥的关系以和平为主。不过也在762年趁机敲诈混乱中的唐朝，并以掠夺洛阳城为条件收复洛阳从而对剿灭安史之乱起到一定作用。9世纪时，因为长期对吐蕃的战争造成内乱，加上统治无道而最终被黠嘎斯在840年出动十万重兵灭亡。



黠嘎斯灭亡回纥后，一部分回纥人因亡国而南迁契丹，大部分回纥人西迁中亚的塔里木盆地的绿洲城邦。少部分留在原地，期间大漠南北都被黠嘎斯占领，其东部有突厥语族的阻卜部落，一直到924年被耶律阿保机打败。


契丹最早见于史籍是405年，渊源尚无定论，根据汉文史料的记录自称“青牛白马之后”，一说渊于段氏鲜卑部。907年，耶律阿保机称可汗。916年契丹首领耶律阿保机建立大中央胡里只契丹国，因契丹人聚居区是在辽水上游一带，而且938年之后统治了当时中国的燕云十六州，所以被当时的燕云十六州的汉人俗称为“辽”，后来北宋人也沿袭此叫法，到1125年大中央胡里只契丹国为女真人所灭。大中央胡里只契丹国盛时疆域包括蒙古地区的大部，全盛时，疆域东北至今日本海，北至今蒙古国中部的色楞格河、石勒喀河一带，西到阿尔泰山，南部和北宋接壤。



1125年辽被从前其下属女真人的金国击败，耶律大石收拢残部西迁中亚建立西辽。此时大兴安岭以东的东北地区归女真人的金国，而蒙古草原依然是的突厥语族和蒙古人的部落。13世纪初蒙古人逐渐强盛，并在蒙古尼伦的乞颜部首领铁木真带领下于1206年最终成功消灭各部，并建立了大蒙古国，作为蒙古族历史的正式开始。后来发动了数次侵略战争，在1211年—1216年重创金国，并在1217年—1229年继续侵攻金国，在1205年—1227年间七次入侵西夏而最终彻底灭亡西夏、1218年灭西辽之后，在1219年底—1223年侵灭花剌子模帝国和高加索诸国和基辅罗斯诸国、后返回灭西夏，在1231年入侵高丽，在1234年3月9日彻底灭亡金国。


蒙古人的渊源尚无定论，一说认为蒙古人的祖先是以苍狼和白鹿为绰号的人的室韦人后裔，1127年，以尼伦和迭列斤两大部落为主体组成的蒙兀国建立。蒙兀国在12世纪时从今俄罗斯联邦布里亚特共和国和赤塔州一带迁徙到蒙古高原斡难河上游的。1146年其首领孛儿只斤·合不勒可汗击退金兵，金乃承认西平河（今克鲁伦河）以北之地为蒙兀王国领土，并岁以牛羊等。但这时的漠北草原的这些说突厥语的塔塔儿部、蔑儿乞、乃蛮部、克烈部、汪古部等突厥人部落互不隶属，合不勒孙也速该于1170年遭塔塔尔部首领杀害而导致蒙兀王国灭亡。


1196年—1204年铁木真陆续征服塔塔儿部、泰赤乌部、蔑儿乞部、乃蛮部、克烈部等诸说突厥语的游牧部落，并且在1204年使汪古部归顺，并于1206年在漠北建立蒙古帝国。蒙古帝国很快占领了整个蒙古地区，并四处出征，在历代大汗的努力之下，发展成为横跨欧亚的大帝国。

1259年蒙古帝国第四代大汗蒙哥汗逝世，其胞弟忽必烈争夺汗位未获普遍承认，于1271年在中国地区建立了元朝，蒙古语称为“大元大蒙古国”，并最终灭亡南宋，使元朝成为了中国历史上继唐以后的又一个大一统王朝。在忽必烈与阿里不哥争夺汗位期间，蒙古帝国分裂成若干互不隶属的四大汗国、以及后来忽必烈在蒙古灭金基础上建立的元朝；直到元成宗时期，经过与四大汗国协商，才再一次取得了“大蒙古国”名义上的统一，确立了元朝为名义上宗主、元朝皇帝称“蒙古大汗”。蒙古高原地区自元朝建立后，隶属于元朝治下岭北行省。


明朝建立后，元朝在天顺帝的带领下退回漠北，被称为北元，活动范围在蒙古高原，南部则是明军与北元对峙的前线。1388年，北元覆亡之后，分裂出来鞑靼和瓦剌两大部。15世纪末，东部蒙古首领达延汗统一漠南蒙古实现“中兴”，侵占原属汉族地区的河套。1572年，蒙古首领达延汗的孙子阿勒坦汗率土默特部入驻河套，并在今玉泉区境内建“库库和屯”城，在与当地汉族的相处过程中，土默特部从草原游牧过渡到定居生活。阿勒坦汗在此前和明朝订立的藩属关系，阿勒坦汗被奉为“顺义王”。明政府于万历年间赐汉名“归化”，意思是令少数民族归顺、化一，服从明朝廷的统治。

在大兴安岭以东的兀良哈地区，明初沿袭元朝设置了三个卫所，被称为“兀良哈三卫”；然而由于利益分配问题，三卫在明成祖时期与鞑靼部结盟，攻击明朝，并最终于明英宗时期彻底脱离明朝、投向瓦剌部。


辽东西部、漠南南部、甘肃北部和哈密一带其他蒙古族居住的地方都归属了明朝，明朝廷先后设置了蒙古族卫所20多处，各卫所长官由原蒙古族领主担任并凭证世袭。


1618年（明神宗万历四十六年）后金首领努尔哈赤起兵反明。1626年努尔哈赤亲率大军，征蒙古察哈尔部。努尔哈赤死后其子皇太极于崇德元年（1636年）改国号“大清”，并最终消灭南明，成为统治全中国的清朝（大清帝国）。其间塞外的蒙古诸部有的与清朝统治者联盟、联姻，如科尔沁部；有的则被清朝征服，如喀尔喀部、和硕特部、卫拉特部、察哈尔部、准噶尔部。最终当时整个东亚地区的蒙古部落隶属于清朝的治下。



清代将蒙古分为设官治理的内属蒙古和由札萨克世袭统治的外藩蒙古。外藩蒙古又称之为内札萨克蒙古（漠南蒙古十六盟）和外札萨克蒙古、科布多（喀尔喀蒙古、漠西蒙古）。其中前者成为今内蒙古自治区的主体部分。清代后期的官方文书中出现了内蒙古和外蒙古的概念。内蒙古一词指内札萨克蒙古49旗，外蒙古则指喀尔喀4部（有时也包括科布多和唐努乌梁海）。清亡之后喀尔喀蒙古走向独立，而内蒙古则在民国的统治下，分属于兴安省、热河省、察哈尔省、绥远省、宁夏省。中华人民共和国成立后，设内蒙古自治区。


清朝蒙古地区实行盟旗制度。盟由各部定期会盟而形成的机构，旗是分解原来的部落而组成。盟旗中地位最高是各旗札萨克与藏传佛教的呼图克图。????