衙门是过去朝廷的办事机构，它们需要处理各种大小政务，维持国家政务的运转。内务府、都察院、户部则是分管处理清朝三个不同政务的机构。
内务府掌管皇家大小事务，都察院监察全国官吏及宗室八旗，户部掌管国家财政。这三个衙门职权不同，却有许多关联之处。
先来说说内务府跟户部之间的关系。内务府设立之初，本是为了将皇室财政与国家财政分开。这种做法有利于避免皇室开销过大，影响国家财政开支。当然，内务府必须有专项收入，满足皇室开支。
初期时，尚能勉强维持，但随着皇室开销增加，原有收入不足，即便皇帝将原本归属户部的财政收入划归内务府，依然无法满足皇室开支。

皇室不可能缺钱，内务府没钱，只能向户部伸手。从级别而言，内务府原是从二品衙门，乾隆时升为正二品，户部是从一品衙门，级别高于内务府。
朝廷又将内务府跟户部财政划开，按规例可以回绝。可是，内务府掌管皇室开支，皇帝常常是下旨训斥内务府，然后让户部拨款，供皇室开支。
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自然可以回绝内务府。可是，内务府的背后又站着皇帝。所以，户部只能从国家财政中给内务府拨款，供皇室开支。按照《清代内务府档案》记载，清朝前期，户部给内务府拨款，每次都在20万到50万两白银左右。
一直到乾隆中期，内务府收入增加，朝廷下令，内务府开始给户部拨款。但是，清朝家国财政部分的情况，依然没有得到解决。所以到咸丰时期，江南遭受战乱，内务府缺钱，又开始奏请皇帝，从户部拨款供皇室开支。户部界别虽然比内务府高，但说到底也只是皇帝钱袋子，很难能自己做主。

内务府跟都察院的关系比较不同。从级别来说，都察院是从一品衙门，仍比内务府高。但是，很长一段时间内，都察院跟内务府并没有太多联系。
都察院虽然可以监察官员，却无法监察皇家事务。直到乾隆三年，才在内务府设立“稽查内务府御史处”，负责监察内务府事务。

具体而言，内务府每年的钱粮数目，都要送到稽查内务府御史处注销核对。而内务府广库司下的银、皮、瓷、茶、缎、衣六库，需要随时应对都察院检查，每个月的初五、二十五日，进行注销核对。
都察院对内务府的监察，绝对是很有必要。清朝衙门中，内务府机构最为庞大，达三千多人。清朝其余机构中，事务最繁忙的户部，也不过只有三百多人。
内务府经手的账目又多。如果没有严格监察，滋生腐败则是必然。当然，内务府跟其他外朝衙门相比，仍有不同。
如建造工程时，一般工程完工时，都察院都需要在修建时查察，完工时查勘。工价五十两白银以上，料价200两白银以上，需要交给都察院工科复核奏销。相比之下，内务府就不需要走这道程序。
但是，都察院能够行使的职权高低，并非完全按照条例办事，更多要考虑到皇帝的态度。如果遇到一个愿意支持都察院工作的皇帝，都察院御史甚至可以直接指出皇帝过失。
《光绪会典则例》曾记载：“都察院各官，皆朝廷谏诤之臣。朕躬有不亲政务，忠良失职，奸邪得位，有罪者录用，有功者降谪等事，尔等有所见闻，即行规谏。”要是皇帝不愿意支持都察院工作，即便都察院监察出官员违法，实际也无计可施。这种情况放在户部身上也是如此。
起初时，都察院对户部监管有限，户部的监察审计工作，主要由六科给事中负责。清沿明制，设六科给事中监察六部事务。
起初六科给事中属于独立机构，后并入都察院。由此都察院才有更多监察户部的权力。都察院有审计、稽查、弹劾的权力。

具体而言，都察院需要对各衙门支领钱财、审核钱粮奏销、交盘、赋役、收成、漕粮、粮仓、盐课、户关，这些主要是针对地方向户部缴纳的钱粮。这些缴纳到户部的钱粮，都要由都察院户科再行查验。
户部每个月收支都需要交给都察院稽查，是否出现纰漏。各处支领财物，也要把文稿送到都察院核对，按月注销，年终核对，如果有错误，立刻进行弹劾。
所以，都察院衙门品级虽然与户部相同，都为从一品，但却有权进行监察。实际上，除了军机处，都察院所检察范围涵盖宗室。
但是，正如前文所说，都察院是否能行使职权，发挥监察作用，不仅有条例规定做保障，还要得到皇帝支持和官场风气的影响。这是一个更复杂的问题。
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