永平三年，汉明帝命人在洛阳云台殿绘制开国功臣二十八人，以及各个时期给予光武帝重要支持的李通、王常、卓茂、窦融四人的画像，统称“云台二十八将”。将其概括为三大集团，这三大集团立足地域但不唯籍贯论，而是以其政治活动的主要区域为准：
河北集团：吴汉、耿弇、寇恂、景丹、盖延、王梁、耿纯、任光、李忠、邳彤、万修、刘植。
河北集团人多势众，兵强马壮，以河北军人为主，是刘秀争夺天下的主要力量。代表人物吴汉，原籍南阳，但在河北为官，所领又是渔阳兵马，所以应当归入河北派。当然他的南阳籍贯，是刘秀更加信任的条件之一。
南阳集团：邓禹、朱祜、岑彭、刘隆、贾复、杜茂、陈俊、马武、马成。
南阳集团同乡本郡，知根知底，以南阳豪强为主，是刘秀实际上的核心团队。在天下一统、尤其是建武十七年以后，刘秀通过一系列骚操作，使南阳集团成为最终的胜出者。
颍川集团：冯异、祭遵、铫期、臧宫、坚镡、王霸、傅俊。
颍川集团善始善终，不离不弃，以颍川官吏为主，是刘秀初到河北时的重要帮手。但由于代表人物冯异早逝，颍川集团趋于边缘化，在朝堂上的影响力也日渐式微。而王常、窦融等人，不足以形成独立的集团，故不在讲述范围。 6park.com
云台二十八将并不团结
二十八将只是前台，背后是一张更大的利益关系网，而有人的地方就有江湖。虽然刘秀手下人才济济，羡煞旁人，但家家都有一本难念的经，个中滋味只有自己知道。仅在建武二年，就发生了多次内讧事件，显示出刘秀团队并非铁板一块，以三大集团为核心的各路神仙龃龉不断。 
河北派刘扬的抗争与得失
当年真定王刘扬以联姻的方式，加入刘秀阵营。刘扬出兵出粮，有力支持了刘秀的事业，当然也想有回报，虽说已经是诸侯王了，封无可封，但多赐个郡，那怕多赐个县，也说得过去。刘秀却毫无表示，或许是因为一时疏忽，但刘扬可不这么想，他觉得就是怠慢自己。
更让刘扬疑惑的是，郭圣通所生的刘强都快一岁了，皇后和太子却迟迟未立。而郭圣通和阴丽华的对立，表面上看是后宫之争，实际上是河北派与南阳派斗争的一种形式。此时郭与阴同列贵人，刘秀又隐约表现出立阴之意，作为直接利害关系人的刘扬，自然会做出回应。
刘扬先祭出流行的图谶造势，称“赤九之后，瘿扬为主”。“瘿”即甲状腺肿大，正是刘扬所患之病。刘秀听到消息，派游击将军邓隆征刘扬入朝，他紧闭城门，禁止入内。虽说此时刘扬未必真反，但刘秀深知他的能量，迟疑不决会出大乱子。他决定快刀斩乱麻，对刘扬实施斩首行动，应该派谁去呢？
刘秀最后选中了耿纯，耿纯与刘扬有亲属关系，不至于引起太大的怀疑，而且曾经一把火烧了自家庄园，有一种孤臣的味道。
耿纯假装持节巡视州郡，到达真定后，在驿站中召刘扬前来。刘扬称病不愿露面，还写信给耿纯，想私下会面，被耿纯婉拒。刘扬毕竟理亏，又想自己拥兵数万，而耿纯不过随从百人而已，料也无妨，就和兄弟们一起带兵过去。
到了驿站门口，刘扬让兄弟们等在外面，自己入内会见。耿纯和颜悦色，礼敬一番，又请刘扬的兄弟们一起进来。等他们完全放松了警惕，耿纯迅速关闭大门，将刘扬兄弟尽数斩杀。耿纯提着他们的首级走出门外，宣布罪状，“真定震怖，无敢动者”。
耿纯回来复命后，知道自己得罪了不少人，难以在朝堂立足，就自请为外郡太守。刘秀也知道河北宗室不好惹，为稳定人心，续封刘扬的儿子刘得为王；并且在这年六月，正式册封郭圣通为皇后、刘强为太子，算是给天下人一个交代。

河北派彭宠愤而造反
彭宠字伯通，南阳宛城人，他的父亲彭宏，曾在汉哀帝时为渔阳太守，在当地很有声望。他本人在年轻时做过郡吏，地皇年间又做过大司空的属吏，跟随王邑的大军东征。刚走到洛阳，听说自己的弟弟加入了汉军，他害怕被牵连，就跟吴汉一起逃至渔阳，投靠父亲的门生故吏去了。
更始即位后，派使者巡抚幽州，给予其任命太守以下官员的权力。使者到了渔阳以后，考虑到彭宠在那里的影响力，当即任命彭宠为偏将军，行渔阳太守事。
不久彭宠联合上谷郡的耿况，派吴汉、盖延、王梁出兵援助刘秀。不过与耿况不同，彭宠从一开始就三心二意，若不是吴汉使了个小手段，促成此事，恐怕他会倒向王郎一边，那河北的形势就是另一番景象了。
当刘秀重整旗鼓，北上追击铜马农民军时，彭宠前来拜见，面有骄色。刘秀军务繁忙，礼节粗疏了一些，彭宠就觉得自己“失宠”了。刘秀觉察出来，就问新任的幽州牧朱浮这是怎么回事。
朱浮字叔元，沛郡萧县人，从籍贯上可以猜测，他可能是刘秀在萧县时的发小。他做过主簿、偏将军，参与攻破邯郸的战斗，之后吴汉袭杀前幽州牧苗曾，刘秀就改任朱浮为大将军、幽州牧。此前朱浮没有什么出彩的表现，我们可以大胆推断，这一任命，十有八九是任人唯亲。
朱浮这个人性格急躁，自以为是，还有点毒舌。他回复刘秀：“当初陛下赐他宝剑，称为北道主人。他自我感觉良好，觉得陛下应该和他执手相迎。现在没有如愿，所以不满。”又添油加醋说：“王莽做宰衡的时候，甄丰经常被半夜召见，深得宠信；后来关系疏远，甄丰因此怀恨在心，最终被杀。彭宠就是甄丰一样的人！”
刘秀觉得是小题大做，便没有放在心上，这一疏忽在各种因素的共同作用下险些酿成大祸。
彭宠返回渔阳后，越想越气，吴汉、王梁原先是他手下的人，现在位列三公，而自己还是原地踏步，心里很不平衡。人心里不平衡的时候，最怕受刺激，而与他共事的朱浮恰恰就是个刺儿头。
朱浮求治心切，遍访幽州名士宿儒，并揽入幕府，支出钱粮，供养他们的家人。彭宠不乐意了，现在天下未定，正是用兵之际，何必养这么多闲人。他拒不执行朱浮的命令，朱浮发文书把彭宠痛骂一顿。措辞很严厉，估计还有“你个丘八懂个屁”之类的话，彭宠看完气得咬牙切齿，把文书撕个粉碎。
紧接着朱浮又上书告彭宠的刁状，说他不忠不孝，贪污受贿，草菅人命等等。刘秀渐渐生出疑心，下诏让彭宠来洛阳回话。彭宠心想这是要双规我呀，就要求和朱浮一道赴京，当面对质，又向吴汉、王梁大吐苦水。
吴汉、王梁急忙将来信呈给朝廷。刘秀贵为天子，哪能讨价还价，私自结交朝臣也犯忌讳，便坚决驳回了彭宠的请求。
彭宠的妻子也是刚烈之人，说渔阳兵强马壮，不用看谁脸色。彭宠又找部下商议，这些多年同僚，都看不惯朱浮的做派，一致通过。彭宠意气用事，立即发兵围攻朱浮。
朱浮兵微将寡，急忙向朝廷求援，他原本希望刘秀亲自带兵平叛，但刘秀只派了游击将军邓隆前往。原因也很简单，此时刘秀正在东、西、南三面作战，根本腾不出兵力来。邓隆到达渔阳后，没有第一时间与朱浮会合，与之相距一百多里，反而大言不惭地上奏“旦夕破宠”。
久经战阵的彭宠，在打探到邓隆的位置后，决定先发制人各个击破。他亲率一万兵力与邓隆正面对峙，又派两千骑兵绕到背后突袭，大败邓隆军。朱浮鞭长莫及，只能眼睁睁地看着友军覆亡。由于一系列意外，彭宠事件迁延日久，前后将近四年。

南阳派邓奉起兵复仇
朱鲔献城投降后，洛阳仍然是一座孤城，在黄河以南形成了一个危险的突出部，更始旧部盘踞在附近的南阳、颍川，蠢蠢欲动。而这两个地方也是两大集团的发祥地，政治意义也很重大，因此刘秀决定南征。
他召开御前军事会议，为激励士气，把写好的檄文掷在地上，故意问道：“郾城之敌最强，宛城之敌次之，谁愿去打郾城？”执金吾贾复自告奋勇说：“我去！”刘秀大笑，命贾复攻颍川，吴汉攻南阳，克日启程。
吴汉与坚镡、万修率军南下，迅速向南阳挺进，连克宛城、涅阳、郦县、穰城、新野等地，又在新野以南击败南郡的秦丰一部，可谓节节胜利。但因为粮草不足，他纵容部下掠夺乡民，搞得民怨沸腾，对新野的破坏尤其严重。正好破虏将军邓奉回乡探亲，见此情景，不由得怒火中烧。他聚起宗族乡民，反攻吴汉，夺回粮草辎重，并驻扎在淯阳城中。
吴汉被迫撤退，万修病死军中，坚镡困守宛城，邓奉则趁机攻城略地，控制了南阳郡大部。按说到此，他报复的目的已经达到，应该上书弹劾吴汉，为自己辩白。如果不是河北集团和南阳集团矛盾重重，刘秀又不得不倚重河北，邓奉应该不会出此昏招，选择继续对抗。邓奉联合董欣、秦丰等势力，互通有无，震惊朝野。
政权分崩离析，很大程度上就是因为内斗不止，自相残杀。这次虽然错在吴汉，但邓奉选择背叛，使南阳陷入兵火之中，在刘秀看来简直是大逆不道。十一月，刘秀派征南大将军岑彭，与朱祜、贾复、耿弇、王常等将，率军讨伐邓奉。岑彭猛攻堵乡，邓奉与董欣合兵一处，激烈对抗，双方相持不下，连战数月。
岑彭所部多是南阳兵卒，本来刘秀考虑这样可以减少阻力，但适得其反，反而放不开手脚厮杀。汉军“堵”在堵乡毫无进展，朱祜在一次作战中还被俘虏。刘秀终于怒了，决定御驾亲征。
建武三年四月，刘秀驾临堵乡前线，根本不用打，邓奉军心大乱，不战而逃，连夜退回淯阳城。岑彭等将乘胜追击，董欣投降，淯阳也被迅速攻下。
邓奉又撤到小长安，刘秀下令强攻，毕竟实力悬殊，邓奉支持不住，就让被俘的朱祜出营请降。
刘秀考虑到邓奉是邓晨的侄子，而且是吴汉有错在先，就有意赦免他。诸将默然不语，岑彭和耿弇表态：“邓奉忘恩叛逆，干戈再起，贾复负伤，朱祜被俘。而陛下亲征以后，他不知悔改，坚持顽抗，直到穷途末路才投降。如果不杀，不足以惩戒后来者。”为了实现两大集团目前的团结，刘秀最终选择了大义灭亲。

南阳派贾复与河北派寇恂险些火并
贾寇事件是指贾复与寇恂的冲突，与邓奉事件几乎是同时发生的。贾复与阴识等人率军攻克颍川后，转兵汝南，刘秀改任寇恂为颍川太守，署理政务。贾复的部将在颍川杀人，寇恂执法如山，将其斩首示众。
战争时期，法纪不严，往常这些事情都是睁一只眼闭一只眼。再加上两大集团的固有矛盾，贾复很生气，后果很严重。
贾复的脾气由来已久，初归刘秀之时，就与同僚发生过不愉快。当时他是破虏将军名下的官属，在一次会议上，与大司马名下的官属段孝并排而坐。段孝提醒他：“你是将军督，我是大司马督，不能坐在一起。”贾复怒了：“大司马和破虏将军都是刘公，凭什么不能坐！”大家觉得他盛气凌人，想把他排挤走，被刘秀压了下来。
贾复回师颍川，发狠话说：“我跟寇恂官职并列，现在却被他羞辱，有仇不报非君子，我见寇恂，一定要亲手杀了他！”
好在寇恂是个明白人，故意躲着贾复，手下不忿，说愿带剑护卫，以防不测。寇恂说：“当年蔺相如不惧秦王，却躲着廉颇，是为国事。古人尚且如此，我怎么能忘了呢？”他下令各县沿途欢迎贾复，酒肉双份，吃喝管够，自己则称病不出。贾复余怒未消，还要找寇恂算账，结果将士们都喝得酩酊大醉，只好作罢。
寇恂担心贾复不肯罢休，就上报刘秀，刘秀对邓奉事件心有余悸，决定亲自出面调解。他先召贾复，晓以大义，又召寇恂。寇恂进殿，发现贾复已经在座，就准备转身离开，刘秀叫住了他：“如今天下未定，二虎怎能私斗，朕特来劝解。”于是二人并席而坐，相逢一笑泯恩仇。总算是有惊无险，尘埃落定，可以长舒一口气了。 彭宠之乱意外落幕
建武三年，朱浮被彭宠围困在蓟县，动弹不得，上谷郡的耿况派兵解围未果。不久涿郡太守张丰迷信术士所言，那术士说张丰当为天子，还用五彩布囊裹了一块石头挂在他的手肘上，说石头里有玉玺，张丰真信了，自称“无上大将军”，并与彭宠联合。彭宠得此强援，不觉飘飘然起来，自称燕王，信心满满。

朱浮慌了，急忙上书请求刘秀御驾亲征，被大司徒伏湛劝止。直到建武四年五月间，刘秀再赴河北，以稳定战略大后方。不过中途又出现了状况，原来阴丽华随军出征，在元氏县生下了一个男孩，就是后来的汉明帝。
前锋祭遵部一马当先，强攻涿郡，张丰的功曹不愿跟他送死，反水擒住张丰，然后开城投降。愚蠢的张丰临死之前，还念念不忘：“我手肘上绑着玉玺呢！”祭遵想让他死个明白，就把那块石头砸碎，里面根本什么也没有。
此时刘秀已过卢奴，一则皇子诞生，二则战事顺利，便决定返回洛阳。祭遵屯驻良乡，骁骑将车刘喜屯驻阳乡，以拒彭宠。
消息灵通的彭宠亲率数万主力，又派弟弟彭纯引两千匈奴骑兵，向汉军发起主动进攻。彭纯部南下经过军都山时，遭到上谷耿舒部的袭击，匈奴两王被杀，彭纯逃回渔阳。祭遵也以攻为守，在潞城袭破彭宠部将李豪，斩首一千余级。此后双方相持一年有余，祭遵数次击退彭宠，使得渔阳形势逐渐稳定下来。
听到刘秀銮驾返回的消息，诸将大惑不解，只有吴汉说：“陛下精通军事，其中自有道理。”迎驾之时，诸将小心询问，刘秀神秘兮兮地说：“魏郡有贼，所以才返回。”结合实际情况，刘秀这样说，或许是为了保密。先是将身怀六甲的阴丽华带在身边，后向诸将隐瞒实情，显然是在忌惮某些东西。
刘秀想在洛阳享受天伦之乐，却被朱浮这个不争气的扫了兴致。原来彭宠打不过祭遵，但对付朱浮还是绰绰有余，围困蓟县数月，城中粮食耗尽，已经开始人吃人。此时耿况派来一支援军，试图解围。援军没能冲开包围圈，却吸引了彭宠军的注意力，朱浮不顾一切地向南突围，向良乡靠拢。
朱浮手下士兵哗变，他杀了妻子以免受辱，单骑逃回洛阳。尚书令侯霸上书弹劾，说朱浮祸乱幽州，逼反彭宠，又不敢以死明节，按律当斩。刘秀念及旧情，改任他为执金吾，负责京师防务。
建武五年，彭宠之乱最终以戏剧化的方式落幕了。近来一段时间，彭宠总是心神不宁，甚至出现了幻听，总觉得火炉下面有一只蛤蟆在叫，扒开寻找却什么也没有，算命的说这是内乱的征兆。他觉得最有可能背叛自己的，就是曾在洛阳为质的堂弟彭子后，就让他带兵在外，无事不得入见。
日防夜防，家贼难防。有一天彭宠正在榻上小憩，他的三个家奴心怀歹意，要拿他的脑袋去领赏。以子密为首的三人悄悄溜进去，把彭宠绑了个结实，然后假传彭宠的命令，把府中人员控制起来。彭宠急忙喊自己的妻子，她跑来一看，大惊失色，三人就要动手杀人，彭宠急中生智，忙让妻子置办行装。
子密心领神会，就和其中一人跟着彭妻去取财物，让另一个人看着彭宠。彭宠趁机忽悠他放了自己，这人动摇了，探头出去四面观察，看周围有没有人。结果子密很快回来了，把彭宠夫妇都关起来，开始收拾金银细软。
挨到黄昏时分，子密让彭宠手书一封，作为通关文牒，然后砍下彭宠夫妇的首级，径直往洛阳去了。而渔阳的将领们见彭宠久不露面，大门又紧闭着，翻墙而入才发现出了大事，便推举彭宠的儿子彭午为王。但毕竟人心已散，不久伪国师韩利杀了彭午，率众向祭遵投降，渔阳宣告平定。