1958年，为了彻底肃清暗藏的反革命分子，根据中央和省委的指示，甘肃河西张掖地委和各县县委，开展了深入肃清反革命运动，并为此专门成立五人小组，组织领导肃反工作。在工作过程中，各地对清查地方反动势力残害中国工农红军西路军的案件尤为重视，设立“红军西路军人员被害案”专案办公室（简称“红案”办公室），对地方反动势力残害西路军的罪行进行了全面彻底的清算。
各专案办公室通过召开红军流散人员座谈会，举办涉案人员集训班，查阅档案等形式，特别是向知情人、当事人进行了大量的调查研究工作，搞清了问题。追随马家军残害西路军指战员的地方反动势力，主要分为三个大类：反动民团，警察和区长、保长、甲长，恶霸地主和地痞流氓。这些反动势力残害红军的手段极其残忍，情节极其恶劣，罪行极其严重。 6park.com

当时河西地区的大多数县，都根据国民党地方军阀，马家军首领马步芳、马步青的指令，组建了反动民团。这些反动民团，是追随马家军屠杀、残害红军的主要帮凶。河西战役期间，他们在马家军军官指挥下，一部分协助马家军作战，一部分运送军需物资，一部分参与抓捕红军掉队人员；大规模作战结束后，一部分在各交通要道、山口要隘之处，设立哨卡，盘查抓捕东返红军，大部分参与“清乡”行动，搜捕、残害红军流散人员，表现极为疯狂、凶残。
张掖民团第一团副团长韩绍华，在搜捕时亲手杀害红军5人，命令下属在梨园口集体杀害红军31人，还率领团丁协助马家军集体活埋红军5次，共370多人。第三团团长曹明、副团长张成仁，家里都是当地的大地主。他们组织民团在张掖南乡及祁连山北麓各山口抓捕红军500余人，送交马家军处死，他们本人也都亲手杀害过红军。第六团团长王九渊，带领民团到高家庄、曹家堡、龙王庙、十里行宫等地“清乡"
 
，搜捕红军300余人，亲手打死4人，命令部下打死2人，其余送交马家军。当地流传的民谣称：“要叫甘州人心平,先杀曹明张成仁；要让甘州人心安，再杀恶人王九渊。”
红军从第一次从倪家营子撤走后，以临泽民团团副李成基为首的民团骨干分子疯狂反扑。他们将红军留下的500余名重伤员大部杀害，有的脑袋被打破，腿骨被打断，并将部分红军尸体剥光衣服，暴尸荒野。李成基还丧尽天良地把红军留下的一名2个月的婴儿撕成两半，内脏散乱于地，其场景惨不忍睹。（李成基后来被返回的红军抓获后处决）山丹县民团对抓捕的红军有的活埋，有的刀砍，有的打死，有的脱掉衣服推入河中淹死。军需官杨生桂带领团丁在大黄山搜捕红军3人，其中1人被他当场枪杀，2人被带回住处用刀砍伤，又命团丁拉出去活埋。 6park.com

散布于河西广大乡村的区长、保长、甲长、警察是马家军在乡村的支柱，也是残害红军流散人员的主要势力之一。1936年冬至1937年夏，永昌县曾以肖辉祖为首成立红军遣送站，除肖本人活埋红军13人外，还指示其下属活埋红军80多人，并将抓获的大批流散红军送交驻防武威的马家军。除此而外,
 该县保甲人员还直接杀死、活埋红军12人。
安西县查出参与迫害红军的保甲人员及警察20余人。四区区长高攀桂，在区公所召集保甲长开会，布置搜捕红军。他说，如果谁家窝藏红军不报，查出来以通匪论罪，要受惩处。在他的严令下，该区保甲人员搜捕红军56名，关押在区公所严刑吊打。警察党德魁，在路旁砍死红军伤员1人，前后收缴红军步枪18支。警察常大魁，在去上家屯庄的路旁发现红军伤员2人，便用铁锹砍死。 6park.com

恶霸地主和地痞流氓，是残害红军流散人员的又一股势力。民乐县王官寨地主陈主藩，把一名受了重伤的红军赶到野外雪地里活活冻死。四坝乡恶霸赵选普，把流散的一名红军骗到家中，将钱物及步枪抢去后，将其枪杀。高寨子地主高林汉、高廷举父子，把流落到他家羊圈中的2名红军骗到馒头沟内，夺去长短枪各一支，然后打死。
武威县清源乡恶霸地主何天祚、何天守兄弟，在高庙沙窝、黑马湖等地，枪杀、活埋流散红军20多人。古浪县泗水乡地主郑克贤、郑克明兄弟，把路过的2名红军流散人员抓住，弄到河岸下杀死，夺走所带枪支和财物。山丹县前窑煤矿梁学俊，带领马家军杀死流散红军2人；东乐镇地痞刘仁德等，将路过的3名红军抓获，先是搜走钱物和枪支，捆绑殴打，最后拉到长城外的北滩上用刀砍死。 6park.com

河西地区残害红军西路军将士的罪魁祸首，到解放后除已经死亡者外，绝大多数已经在镇反、反霸、土改等运动中被镇压。1958年的这次深入肃反，又清查出负有血债的罪犯449名。对这批前期的漏网之鱼，计判处死刑83名、死缓5名、无期徒刑34名、有期徒刑214名、管制58名、戴上帽子监督改造8名，不给刑事处分47名。
1958年10月1日，张掖地区中级人民法院在曾有大批红军将士被活埋的东校场召开万人宣判大会，尔后将判处极刑的韩绍华等39名罪犯，分别押赴倪家营子和高台等昔日战场执行枪决，告慰了牺牲红军将士的英灵。