1949年12月27日荷兰将西伊里安以外的印尼领土的主权移交给印尼。从此，长达300多年的荷兰殖民统治终结。印尼重获独立后，苏加诺被印尼人民称为“国父”，在国内外享有崇高的威望。

进入50年代以后，印尼共产党在领导人艾地的领导下得到了飞速发展，到1960年，印尼共产党成为印尼全国最大的政党。1963年，印尼共产党拥有党员 200 多万人，1965年又上升到300多万人。成为当时仅次于中共和苏共的世界第三大共产党，也是社会主义阵营外最大的共产党。

所有的舆论都认为，印尼共产党凭借自身的强大和与苏加诺总统的良好关系，和平夺取印尼国家政权只是时间问题。然而，与苏加诺总统关系紧张而又亲美的一些军方高级将领，对印尼共产党即将掌握印尼政权忧心忡忡，他们在美国中央情报局的秘密支持下，暗地里企图将苏加诺赶下台，积极寻找打击印尼共产党的时机。

1965年9月30日深夜,头戴红色贝雷帽、身着铁色军服的总统警卫部队一查克拉比拉瓦团第一营的士兵,根据营长翁东中校的命令,来到总统官邸独立宫周围加强布防。奉命开进雅加达参加10月5日印尼武装部队节典礼的中爪哇迪波纳哥罗师的一个营和东爪哇布拉维查亚师的一个营,同翁东中校联合行动,部署在首都的各个战略据点上。与此同时,翁东中校率部包围了几位陆军高级将领的家,说是奉命逮捕“将领委员会”的成员。当夜被逮捕的有陆军司令艾哈迈德·雅尼中将,陆军第二副司令苏普拉普托少将,陆军第三副司令哈里约诺少将,陆军司令第一助理帕曼少将,陆军司令第四助理潘贾丹准将,军法学院院长苏多约·西斯沃米赫佐约准将。他们中有三位被当场击毙。另有三位随后被带到距离雅加达不远的空军训练基地哈利姆空军基地附近的一个名为“鳄鱼洞”的地方杀害。国防和安全统筹部长纳苏蒂安将军据说因为接到了告密电话,翻过住宅花园的后墙跳到隔壁的伊拉克大使馆内,逃脱了,只是摔伤了脚。他的随从副官迪安中尉伪装成他而被杀。纳苏蒂安的岁小女儿伊尔玛苏尔贾尼受枪伤后抢救无效。紧接着,翁东等部队分别占领了国家广播电台、中央邮电局和独立广场等要地。 6park.com

然而，翁东等事变领导人还没有与印尼的灵魂人物苏加诺总统取得联系。同时，他们更万万没有想到的是，他们犯下了一个到死不能饶恕的致命错误：即他们忽略了印尼陆军中的强硬人物，地位仅次于陆军部长的陆军战略后备部队司令苏哈托。
当天黄昏时,陆军战略后备司令部司令苏哈托少将在海军的谅解和合作下通知所有军区,在陆军总参谋长雅尼将军被绑架、国防部长纳苏蒂安将军下落不明的情况下,他就是陆军的统帅。于是,苏哈托立即命令部队包围独立广场,迫使驻守在那里的两营政变部队投降。下午,在万隆的机械化部队西利旺仪师奉命调到雅加达。6点30分,苏哈托的部队同西利旺仪师师长阿齐少将所率部队部署在雅加达市区的周围,并扼守着雅加达、茂物、万隆之间的公路。他们轻而易举地开进雅加达并重新控制了市区的重要设施包括国家广播电台、中央邮电局、独立广场等,以及交通要道和进入市区的每一个入口。这时,被“9.30运动”占领的只剩下哈利姆空军基地这个阵地了。

苏加诺总统在10月1日凌晨获悉发生政变。他考虑到总统府和住宅不安全,便决定前往哈利姆空军基地。印尼共产党主席艾地也在那里。苏哈托迅速控制了雅加达局势,对苏加诺的决定产生了重大影响。10月1日下午,空军司令达尼和艾地决定飞往中爪哇开辟第二条战线,希望苏加诺同行。苏加诺拒绝了。他匆忙任命普拉诺托为代理陆军司令,同时授权苏哈托负责恢复治安。在达尼和艾地离开后,苏加诺也在当晚回到茂物行宫。
接着,苏哈托下令进攻哈利姆基地,并于10月2日清晨占领该地,翁东等人事先逃离。“9.30事变”昙花一现,不满一天即夭折了。 6park.com

事变失败后，掌握了大权的苏哈托在全国范围内抓捕翁东等事变领导人。翁东等事变领导人分别潜藏，翁东本人在事变后，一直躲藏在首都雅加达市郊的农村，后来，他前往中爪哇地区，由于风声紧张，又决定前往他的家乡。在他做出决定两天后，他换上当地平民的服装，乘坐一辆普通的公共汽车悄悄地启程了。然而，就在这辆车上，他被两名士兵认出而被捕。翁东在1967年12月被处决。
苏哈托决心利用这一良机彻底解决印尼共产党。为此，他公开宣称印尼共产党策划并参与了此
次事变，在全国范围内抓捕艾地等印尼共产党领导人，同时掀起了一场血腥的反共大屠杀。
印尼共产党紧急发表了与此次事变无关的声明，但苏哈托根本不予理睬。原来对印尼共产党一直有好感的苏加诺总统，由于怕事变与此有牵连，加上也已处于自身难保的境地，此时已无力保护印尼共产党了。

最先被捕的是印尼共产党中央政治局委员大雅加达市委负责人约诺，他于10月5日被捕，次年2月被处死刑；印尼共产党第一副主席鲁克曼和第二副主席约多在军方的追捕中被杀；印尼共产党第 4 号人物苏斯蒂曼随之遇难。到1967年3 月，印尼共产党中央政治局 5 名常委中有4名遇难；10名政治局委员中有6名遇难。其他中央委员和各级党组织负责人，以及大批党员骨干纷纷被捕牺牲，全国各地的党组织陷于瘫痪。军方出于对共产党的愤恨，对共产党员和进步人士采取了活埋、刺杀、枪决等手段，全国陷入一片恐怖之中。
印尼共产党主席艾地于10月2日离开了首都雅加达，之后，他化装辗转来到了印尼共产党势力颇大的中爪哇地区。1965年11月22日因为叛徒告密，一支印尼军队来到艾地藏身的小村庄，挨家挨户地搜查。当他们来到艾地藏身的这户人家时，艾地已经藏入了密室中，然而，士兵们在密室旁边的柜子旁边发现了一双拖鞋，他们移开了柜子，艾地就这样被捕了。几小时后，艾地被枪决。 6park.com

1965年12月，当得知艾地殉难后，毛主席极其悲痛的写下了这样一首词《卜算子—悼国际共产主义战士艾地同志》：
疏枝立寒窗，笑在百花前。奈何笑容难为久，春来反凋残。残固不堪残，何须自寻烦？花落自有花开日，蓄芳待来年。
“9.30”事变后，美选派马歇尔.格林为驻印尼大使。格林到任后，积极参与了反共大屠杀行动。
美国向印尼军人提供了 5000名印尼共的干部名单。这些人很快被抓捕和处决。
此次大屠杀的具体罹难人数，迄今没有确切数据。据中情局后来的调查报告，截止1966年4月，大约有25万到50万人被杀，另有大量入狱者；据印尼官方在1975年公布的数据，则为45到50万左右。印尼共产党中大多为华人，因此在这次大屠杀中有数十万华人惨遭屠杀。