背景
冷战中第二次世界大战后的两个战胜国美国和苏联分别代表两个截然不同的经济和思想意识形态政策，展开全球性的政治较量，两个超级大国的策略在于不断使用新的武器来显示自己的优势。
双方的战略考虑均不排除对对方进行核“首发”的措施。这个战略的目的在于对对方进行猛烈的第一次打击，以至于对方瘫痪，无法进行核反击。常规武器的火力无法达到这个目的。
当时两个超级大国所拥有的导弹技术（洲际弹道导弹）可以达到18，000公里外的目标，因此双方均可以从自己的国土打击对方国土内的目标。同时双方的战略轰炸机机队（B-52同温层堡垒轰炸机和图波列夫Tu-95）也能够打击对方领土内的目标。但是这些武器的短处在于它们的预警时间太长，因此对方有足够的时间采取反措施。
为了缩短这个预警时间，双方必须将其核导弹尽量布署到对方的领土附近。1959年美国在意大利和土耳其布署了中程弹道导弹PGM-19朱庇特弹道导弹，这是后来古巴危机的导火线。
1898年美国战胜西班牙，逼使西班牙放弃古巴主权，古巴成为独立国，但古巴的政治、经济实际被美国控制，大部分古巴产业掌握在美国人手中。美国与古巴订立不平等条约，直接干涉古巴政府，并在关塔那摩湾建造永久海军基地。第二次世界大战前后，古巴的民族主义日渐高涨，而美国扶植的巴蒂斯塔政府废除宪法，实行军事独裁统治，引发民众反抗。
1953年7月，以卡斯特罗为首的古巴革命军发动武装起义，经过多次失败，卡斯特罗等革命党人流亡海外，与南美阿根廷游击队领袖切格瓦拉合作，1956年底乘坐小艇从墨西哥偷渡返回古巴，展开游击战争，1959年1月1日，卡斯特罗领导的革命党终于推翻巴蒂斯塔政权，建立古巴革命政府。半年之后，古巴革命政府实行土地改革，开始没收土地和私有财产，美国人拥有的银行、厂、商店、农场全部国有化，美国政府立即宣布与古巴革命政府断绝外交关系，冻结古巴在美国的资产。并且开始对古巴实施贸易禁运，古巴革命政府开始倒向苏联阵营。
古巴革命
1959年1月1日，古巴取得了人民革命的胜利，推翻了巴蒂斯塔政权。1月13日成立了古巴共和国。宣告这一胜利的是领导人民革命的菲德尔卡斯特罗，当时这位领袖人物年仅32岁。新政权成立初期，美国同古巴的关系还比较好。2月，卡斯特罗出任总理，4月访问美国，还受到艾森豪威尔政府的热烈欢迎。同时美国希望把古巴纳入美国的势力范围，巩固它在拉美的基础。无论是卡斯特罗还是他的战友，本来不仅同苏联和其他社会主义国家没有任何联系，而且甚至对马列主义、对共产主义学说尚无基本的认识。
美古关系恶化
1959年6月，古巴新政府的领导成员发生很大变动，政府重要部门绝大多数被主张实行激进政策的人所掌握。美国政府担心古巴动摇美国在拉美的基础，因而就对古巴新政权产生不满，并且企图逼新政府就范。结果就导致了美国与古巴关系的日益恶化。1961年1月5日，美国宣布同古巴断绝外交关系。同时，从经济上开始对古巴进行制裁，企图通过卡断经济命脉来扼杀古巴新政权。
猪湾事件
1961年4月15日，在美国的策划下，古巴流亡者组成的部队驾驶美国B-26型轰炸机对古巴进行了两天的轰炸，1000多名流亡军登上古巴猪湾，意图入侵古巴并以推翻卡斯特罗政府。但是在72小时之内，入侵者被政府军击败。美国政府并未就此罢休，继续对古巴施加压力。卡斯特罗的新政府一开始打算保持古巴与美国的关系，但是美国不肯与卡斯特罗交往。卡斯特罗向美国贷款，但是德怀特·艾森豪威尔政府拒绝其要求，并且支持古巴内部的游击组织试图推翻卡斯特罗政府。因此卡斯特罗只能向美国以外的势力求援。
向苏求援
在受到美国的强大压力时，卡斯特罗不得不向苏联寻求援助。苏联当时对古巴的处境表现出异乎寻常的关切，正是出于同美国争夺霸权的需要，想在拉丁美洲找一个立足点。古巴的求援，正是赫鲁晓夫求之不得的事情。他认为，古巴局势的发展，直接关系到苏联在拉丁美洲的影响，关系到苏联的威信及其在拉美的立脚点。古巴和苏联于1960年就恢复了外交关系。在美国同古巴绝交后，苏联就抓住机会，增加了对古巴的经济、军事援助。苏古关系的发展，也就隐伏着美苏关系的紧张和日后的导弹危机。被逼入绝境的卡斯特罗，1960年秋天在联合国大会上发表了一番慷慨激昂的讲话。他面对坐在大厅里的美国人说，是你们促使我们寻求新的市场和新的朋友，它们就是苏联和社会主义世界。在这之后，我们就开始对这种社会主义产生了兴趣并开始研究它。
961年4月16日，卡斯特罗宣布古巴成为社会主义国家。
前奏
从1959年开始美国分别在意大利和土耳其布署了30和15枚对准苏联具有核弹头的中程弹道导弹。
1960年10月26日和27日美国首次从德克萨斯州的劳夫林空军基地起飞∪-2侦察机飞越古巴。1961年9月5日美国侦察机首次拍摄至SA-2地对空导弹以及米格-21战斗机。
1962年4月美国完成在士耳其配有核弹头的朱庇特中程弹道导弹部署，由于这些导弹位于不受保护的地方，很容易被攻击，因此它们明显只是用来进行第一打击使用的。
与此同时美国此时已经拥有可以从水下发射的北极星导弹，这些核潜艇不易被发现和消灭，而苏联当时还没有相应的对抗措施。
1962年5月苏联开始秘密在古巴部署可以装置核弹头的SS-4中程弹道导弹，在古巴苏军部署50847人，其中战略火箭军第43师由3个中程导弹团，每个团配备8具SS-4中程导弹发射器，每具发射器2枚导弹，射程2080公里；2个中远程导弹团，每个团配8具SS-5导弹，射程3700km。另有100余件战术核武器。为了护卫战略导弹部队，苏军还部署了4个摩托化步兵团，总兵力1万余人，配备T-54坦克124辆、水陆两栖坦克12辆、装甲车280辆、反坦克导弹发射器36座、喀秋莎多管火箭炮40门，射程50公里的“月神”短程导弹60枚。以补足美国在意大利和土耳其布署中程导弹所造成的战略劣势。古巴正规军兵力27万，配备T-54坦克394辆，高射炮888门，重型火炮和重迫击炮近千门，地对空导弹180枚，短程巡航导弹一个连，作战飞机41架，鱼雷快艇、猎潜艇13艘。
1962年8月5日和29日中央情报局通过∪-2侦察机以及间谍报告首次在比那尔德里奥省首次发现了导弹发射装置。
1962年9月8日苏联货船“鄂木斯克号”携带SS-4中程导弹赴哈瓦那，但是没有将这批货运到地方卸货。
危机时间表

被击落的U 2侦察机的尾部，陈列在哈瓦那革命博物馆。 6park.com

被击落的U 2侦察机的发动机 6park.com

10月17日拍摄的导弹发射场
真正的危机从1962年10月中开始。
10月14日周日：两架从德克萨斯州劳夫林空军基地起飞的∪-2侦察机飞越古巴的导弹发射场拍照。10月15日周一：侦察机拍摄的照片明确地显示了导弹的存在。这些导弹是布署在古巴东北部圣克里斯托佛附近的SS-4导弹，它们可以打击华盛顿哥伦比亚特区。10月16日周二：国家安全顾问麦克乔治·邦迪向肯尼迪汇报侦查结果，肯尼迪召集他的执行委员会来讨论各种反应方式。其中包括容忍苏联布署导弹、试图采取外交解决以及军事手段如封港、空袭和入侵。所有这些讨论均是绝密（公众和苏联不知道）。肯尼迪下令继续使用∪-2侦察。10月17日周三：美国派出六架∪-2侦察机拍摄导弹发射场，照片证明当地布署了至少16架SS-4弹道导弹（SS-4SS-5）发射架，24个SA-2防空导弹阵地和一个存放核弹头的掩体。这些导弹中射程最大的为4500KM，它们可以攻击所有美国重要的工业城市，包括华盛顿。预警时间只有五分钟。此外苏联还布署了22架伊留申‖-28轻型轰炸机。10月18日周四：苏联外长安德烈·葛罗米柯赴白宫与肯尼迪会晤。这次会晤是一次计划已久的会晤。出于策略性考虑肯尼迪在会晤中没有提到古巴问题，双方多次讨论苏联已经多次提出的使得柏林非军事化的问题。这样一来美国更加相信苏联是打算通过他们在古巴的发展来改善在柏林问题讨论过程中的地位。这个假设也是其它西方盟国的意见，后来证明这个假设是错误的。在华盛顿不断有苏联大量向古巴出口武器的消息流传。美国军队开始感到不安。美国将军认为封港太软弱，他们认为必须立刻进行空袭，然后入侵。尤其空军将军寇第斯·艾莫森·李梅（
 
CurtisLeMay）要求进攻：“红狗在挖美国的后院，我们必须惩罚他们。”罗伯特·肯尼迪命令他的司法副部长尼古拉斯卡赞巴赫审查封港的法律基础。10月19日周五：卡赞巴赫向执行委员会汇报封港的法律基础。执行委员会被分为数个组，分别研究对付古巴导弹的各种方案10月20日周六：虽然肯尼迪的高级顾问要求入侵，执行委员会还是决定进行封港。10月21日周日：肯尼迪决定封港并召集大报纸的主编来避免报纸过早报道。10月22日周一：美国军队进入警备状态（三级戒备状态），为了准备入侵，更多的美军被移驻到佛罗里达州，约200艘舰船围绕古巴。英国、法国、西德和加拿大的政府代表获得通知，这些国家向肯尼迪表示他们的支持。肯尼迪发表电视演讲，宣布从10月24日开始对古巴进行封锁。此外他要求赫鲁晓夫将苏联导弹撤出古巴，并威胁假如美国被攻击的话将进行强大回击。克里姆林宫担心会出大事，高层开始讨论美国的底线与入侵古巴的可能。10月23日周二：赫鲁晓夫宣布不接受封锁，但是保证布署的导弹完全是出于防御策略的。美洲国家组织开会投票同意封锁古巴。

美国封锁古巴船只和飞机
10月24日周三：美国对古巴的封锁开始。美国舰只和苏联舰只首次发生冲突。为了防止冲突升级，美国舰只没有总统的直接命令不许开火。苏联舰只进入封锁圈（离古巴海岸500海里），但是美国缩小其封锁圈后所有苏联舰只掉头离开了封锁圈。苏联政府继续表示不做任何让步。10月25日周四：在联合国安全理事会的会议上美国大使与苏联大使针锋相对，美国首次展示苏联导弹发射场的照片证明。10月26日周五：苏联不顾封锁，在古巴继续布署导弹。执行委员会讨论军事步骤并准备继续美苏对话。但强硬派十分怀疑苏军企图，要求空袭以示警告，假如必要的话入侵。赫鲁晓夫写信给肯尼迪，表示假如美国保证不入侵古巴的话苏联可以撤离导弹。肯尼迪回复暂不入侵古巴。当时苏联在古巴附近有四艘载有核鱼雷的狐步级常规动力攻击潜艇（B-4，B-36，B-59以及B-130），美国海军很快就确定了所有这四艘潜艇的位置，但是美国人不知道这些潜艇上带有核鱼雷。由于这些潜艇潜水很深，它们无法与莫斯科通讯。

1962年11月1日拍摄的照片
10月27日周六：该日为古巴冲突的最高峰，双方均发生小型冲突，首先是早晨时分，美国进行了一次运载火箭试验，这次试验没有通知执行委员会。美国海军科尼号驱逐舰（DD-508）向最后一艘隐藏在海底的舷号为B-59的苏联狐步级潜艇投掷了五颗训练用深水炸弹以逼迫其上浮，在这之前苏联在古巴附近海域部署的潜艇大队另外三艘“狐步”级常规动力攻击潜艇巳迫于压力而上浮。此时B-59艇内电力已严重不足，食物，淡水等生活物资严重短缺，船员们忍受着近60度高温，整体士气低下。由于美苏两国要求浮上水面的警告方式不同，导致B-59号的艇长误以为核战争已经爆发，决定发射舰上的核鱼雷，由于大副(
 Vasili arkhipov)执意不同意(按 
照当时苏联核潜艇的规章必须三位最高军官：舰长、政委、大副一致同意才能发射导弹），最后潜艇上浮来请示莫斯科的命令。同日，美国一架飞行在古巴上空21336米的∪-2侦察机被巴内斯当地原苏军防空部队发射的三枚SA-2防空导弹中的两枚击中坠毁，飞行员安德森少校当场死亡。另一架美国海军的RF-8A也被37mm防空炮火击中，∪-2在古巴被防空导弹打下的噩耗传到美国空军司令部后，鹰派就已经开始明确立场，认定苏军不打算接受谈判，美国空军官员当即决定根据计划出动F100战斗机空袭古巴巴内斯的防空导弹阵地，将它们彻底摧毁。然而，这毕竟是对个主权国家的重大军事行动，因此，美国空军不得不将作战计划上报国防部，国防部又上报肯尼迪总统。肯尼迪总统考虑再三，最后否决了军方的空袭计划。当天，肯尼迪下令10枚新研制的“民兵”洲际导弹进入戒备，以警告赫鲁晓夫不要轻举妄动。同时肯尼迪表示同意继续谈判。他向赫鲁晓夫密电表示同意赫鲁晓夫的第二封、比较官方的信中建议的撤回布署在土耳其的导弹。不过肯尼迪并没有通知大多数执行委员会的成员说他答应撒回在土耳其的导弹。与此同时罗伯特·肯尼迪秘密与苏联驻美国的大使谈判。10月28日周日：秘密外交谈判终于成功。赫鲁晓夫态度改变，在莫斯科电台中宣布，美国已保证，同意不入侵古巴，因此，苏联将从古巴撤回所有进攻性武器。同时美国决定秘密撤回在土耳其和意大利部署的弹道导弹。古巴导弹危机结束。今天一般认为教宗领袖若望二十三世在这件事件的和平解决中起了一定的作用。肯尼迪本人是天主教徒，若望二十三世与赫鲁晓夫之间一直有书信往来。尾声

1962年11月导弹运走
最后双方达成以下协议：苏联撤回部署在古巴的导弹，美国宣布不再对古巴进行任何入侵行动，美国撤回部署在土耳其和意大利的导弹。为了不使得美国的北大西洋公约组织盟国感到难堪、另外也出于宣传目的，美国从土耳其撤军比苏联晚一些，而且是秘密撤军。这样美国从表面上来看是这场危机的胜利者。不顾虑这个对外的心理效果的话苏联在这场危机中获得了一个战术胜利。通过在古巴布署和撤出导弹，苏联达到了美国从苏联的邻国撤出导弹的目的。客观而言，双方都达成了原先所设定的目标，也都各自保住的面子，算是一个相当圆满的解决。
古巴危机尤其强调了冷战中两个超级大国之间爆发核战争的危险。古巴危机后两国均开始考虑如何避免类似的危机，尤其是改革交流层面，因为没有适当的外交机关沟通，必须大费周章借由第三国的场地派遣使节团多次商谈，为免讯息拖延导致误判局势而战争爆发，此后，在华盛顿和莫斯科之间建立了美苏热线这样可以在紧急情况下立刻进行双边首脑谈判来避免危机升级。以色列与埃及、约旦和叙利亚之间的第三次中东战争爆发后不久，1967年6月5日美苏两国第一次使用热线。后来两国在冷战中还数次使用过热线。