1864年7月19日，太平天国首都天京城被曾国荃的湘军攻陷，李秀成保护幼主洪天贵福突围，三天后，李秀成在方山附近被湘军所俘。按照慈禧的意思，曾国藩应该将洪秀全的尸体“剉尸枭示”，并且将李秀成与洪仁达“槛送京师，训明后尽发处置”。

但曾国藩却将洪秀全的尸体焚烧后装进炮弹里射向江河，将他“挫骨扬灰”，并且将李秀成与洪仁达就地处决，没有押解进京。为何曾国藩要抗旨？这里是有原因的：
原因一、晚清的律法允许曾国藩这样做
根据《清史稿·刑法志》和《刑部奏案》等史料记载，清朝的死刑制度沿用了明朝的体制，死刑犯都需要经过刑部和皇帝的复核，哪怕是斩立决的犯人同样需要经过这些程序。但是鸦片战争后，特别是太平天国的金田起义发生以后，清朝的死刑审核权力不断下放，“就地正法”、“先斩后奏”的死刑制度开始实施。

道光三十年，钦差大臣李星沅擒获了广西“匪首”张晚等人，结果被就地正法后才上报给道光皇帝，道光帝在有奏折上御笔朱批三个字：“知道了”。李星沅处理李晚等人的案件，开创了晚清先斩后奏的先例，从此以后地方官员处理重大案情的罪犯都被准许“先斩后奏”。
太平天国自金田起义以来，给清廷带来了巨大的压力，曾国藩、江忠源等人受命召集兵力抵抗太平军。为了尽快剿灭起义军，清廷给了领兵将领先斩后奏的权力，让他们可以毫无顾虑地对太平军进行镇压。 6park.com
因此，曾国藩对洪秀全的尸体进行焚烧炮轰，私自处决了李秀成和洪仁达，这都是清廷赋予他的权力。

原因二、毁灭证据
曾国荃攻下天京城时洪秀全已经去世一个多月，有人说是病死，也有人说是服毒自尽，这个争议先不讨论，可以确定的是曾国荃后来在一名宫女的带领下，找到了所谓洪秀全的尸体。
但实际上，这具尸体已经高度腐烂，曾国藩给慈禧报告了尸体挖出来时的情况：
“该逆尸尊尚邪教，不用棺木，遍身皆用绣龙黄缎包裹，虽裤脚亦系龙缎，头秃无发，须尚全存，已间白矣。左股右膀肉犹未脱”

这样的一具尸体基本上已经无法辩认，曾国藩将这具尸体焚烧后装进炮弹打散，有点毁尸灭迹的嫌疑，如果有人质疑这具尸体不是洪秀全，这对于曾氏兄弟来说是一件很麻烦的事。攻破天京城，“消灭”洪秀全，这是大功一件，但尸体要不是洪秀全的，那后面的工作就麻烦了，他们兄弟的功绩也会被打折。因此认定这具尸体就是洪秀全，烧了，骨灰炮轰了，就算朝廷来人也没办法追查。
李秀成和洪仁达也是如此，如果将两人押解进京将会夜长梦多，说不定李秀成在慈禧面前说一些不利于曾国藩的话，或者押解途中出了差错，功劳变成了罪过，因此曾国藩在李秀成写完自述后不久就火速将其处决。

原因三、慈禧懿旨到达的时间延误
湘军7月19日攻破天京城，曾国藩于7月26日将这一战况上奏给朝廷，洪秀全的尸体是7月30日找到，并在8月1日被曾国藩“戮尸，烈火而焚之！”；
李秀成是7月22日在方山被湘军俘虏，8月7日被曾国藩处死。慈禧要求曾国藩对洪秀全分尸的懿旨是8月11日才送到，当时洪秀全的尸体已被处理，李秀成也已经被杀，所以曾国藩也不算是抗旨。

结语
曾国藩处理洪秀全尸体的行为明显过激，有人认为是曾国藩在发泄自己心里的仇恨，但我认为不太可能。
曾国藩的城府很深，而且很有谋略，从他处理李秀成与洪仁达就可以看出。洪仁达被凌迟，李秀成被斩首，就是因为李秀成写出了他想要的《自述》，当然这份自述有被篡改的嫌疑，曾国藩没将李秀成凌迟正是想让这份“自述”的真实性变得更高！

所以炮轰洪秀全的骨灰并非发泄怨恨，也非震慑，主要是想毁尸灭迹，将战功劳劳地记在自己和兄弟名下。