北宋神宗赵顼即位后，年轻气盛，朝气蓬勃，决心振兴祖业。 虚心下问、多方征求治国方略以后，感到王安石提出的一整套激进、大胆的变革方案符合自己的理想，于是在熙宁二年（1069年），重用王安石为参知政事，开始变法。
元丰八年（1085年）三月七日，神宗病死，年仅10岁的哲宗赵煦继位。 哲宗年幼，由祖母皇太后当政。 皇太后向六十七岁司马光征询治国方略，司马光上《乞开言路札子》，建议"广开言路"。 司马光又一次呼吁对贫苦农民不能再加重负担，而且主张新法必须废除，要对农民施以"仁政"，接着上第二份奏疏《修心治国之要札子》，重点谈用人赏罚问题，提出保甲法、免役法和将兵法是"病民伤国，有害无益"。 司马光认为把新法比之为毒药，请求立即采取措施，废除王安石的变法措施。


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然而，在元佑元年（1086年）九月初一，六十八岁的司马光因病逝世，谥号文正，宋哲宗赐碑名为"忠清粹德"。 死后仅八年，哲宗下诏削除司马光的赠谥，毁坏所赐碑。
统治集团的分裂、党争与政治清洗构成了北宋后期政治现象，为避免进一步分裂、实现政治和解的可能性，宋人称之为调停。 只可惜，和解最终并未实现，宋朝政治头也不回地走向了分裂。 究其原因，执政十八个月的司马光难逃其咎。
元丰八年五月底司马光出任门下侍郎，次年闰二月，升任尚书左仆射兼门下侍郎，登上了人臣权力的巅峰。 然而结果却不如人意，司马光走上了王安石的老路——执拗、听不进不同意见。 最为严重的是，登上相位的司马光急不可耐、不加区分地一股脑儿推翻了王安石的新法，有破坏而无建设，最终寥寥然无一实政之见于设施。 可以说司马光的18个月执政生涯给宋朝政治造成了负面影响，保守主义黯然退场，北宋前中期士大夫政治中宽容异见的传统遭到进一步破坏，嘉佑成为遥远的绝响，皇帝—宰相的专制继续加强，士大夫集团内部的分裂加剧，党同伐异的政治气氛持续酝酿，直至哲宗亲政之后，出现了明目张胆的政治清洗。


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在很多重要事务上，司马光的主张不过是多种意见中的一种，他从来没有将自己的标准加于他所看重的臣僚，这么多臣僚之间的争议是他从一开始就必然估计到的。 但是司马光始终认为自己的意见是最正确的，必须坚持。 貌似群臣各抒己见，但实际上以司马光的地位之高、权力之大、威望之重，再加上代行皇帝职责的太皇太后本身不具备完全的政治判断力，她依赖、信任司马光，最终会以司马光的意见为意见，成为最终之结果，成为第二个「王安石」。
他与同为新晋宰执的吕公着、范纯仁之间缺乏必要的沟通，从未与他们进行过面对面的闭门深谈，只不过有时候通过中间人传递信息、交换意见，比如吕公著的长子希哲，或司马光的学生、吕公著的女婿范祖禹，彼此之间交流交心程度必然大打折扣。 高层政治人物之间如此缺乏交流，实在是不可理喻的，更何况，他们又面临着如此复杂的政治形势！
此外，对于宰执中的熙丰旧人，这些后世公认的司马光的政敌，司马光没有明确的排斥行为。 相反，他公开承认蔡确、韩缜、章惇等人的顾命之功。 特别耐人寻味的是，在遭受章惇的挖苦打击后，司马光的对策是请求章惇的好友苏轼私下斡旋，然而效果不佳。 绍圣元年（1094年），章惇为相，议论司马光更变熙丰法度，促使哲宗对司马光态度大变。
新提拔的官员与司马光之间也多有隔阂。 比如苏轼与司马光争役法不合，但苏辙出任谏官，却得到司马光的推荐。 然而苏辙却建议太皇太后另选高才以取代司马光。 苏辙曾上言哲宗与太皇太后，明确门下侍郎司马光、尚书左丞吕公着，虽有忧国之志，而才不逮心。


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虽然有太皇太后的支持，司马光在宰相府的日子其实并不好过。 朝野上下无数人将改变的希望寄托在司马光身上，熙丰失意人奉他为领袖，而这个领袖，却没有自己的队伍。 对于政治同盟，他缺乏必要的沟通;对政治上的敌人，他缺乏应有的警惕;应当倚为臂助的官员，他推荐的人选，在政治上却并未与他保持一致。 由此暴露了司马光作为政治家的致命弱点——他缺乏政治斗争的实践经验，把政治简单化和理想化了。 他不要同盟，不要打手，不要算计，而梦想靠着高尚的道德、严格的自律来感化、影响其他人走上正确的道路。 这种一厢情愿充分暴露了司马光在政治上的幼稚。
在生命的最后18个月，司马光被推上了领袖的高位，然而他既无人才队伍，也无经验、手腕、对策，历史赋予他的任务，他却一件也没有完成。 这就是司马光十八个月执政生涯的真正悲剧性。