实际情况中这种现象是几乎不存在的，谁的权利大，谁的权利小，看当时双方的实际情况。双方都知道自己是不是对方的对手，在自身的政治力量、军事力量等权利不足的情况下是不会贸然对着干，否则结局只能是自取其辱。
旨意
旨意是权利的象征，能下达旨意的，并非只有皇帝一人，皇帝的母亲，等级高一些的妃子、皇帝的儿子，诸侯亲王、侯爵等也都是可以的。但是皇帝的旨意是圣旨，太后的旨意是懿旨，妃子、太子、亲王、侯爵的旨意只能是令旨。
皇帝的圣旨包括：诏书（一般指圣旨。圣旨是指古代中国社会时皇帝下的命令或发表的言论）；
诰书（皇帝封赠官员的专用文书。所谓诰是以上告下的意思。）；
敕书（敕，即敕命、敕谕。是皇帝任官封爵和告诫臣僚的文书）；
制书（制书就是皇帝说的话。是皇帝对个别官员或部分官员有所宣告时使用的命令文书）等形式。
原则和实际情况
不过原则上来讲是皇帝的圣旨大，因为中国古代最高统治者是皇帝。正常情况是以皇帝的圣旨为准则了。但是实际上要看她们谁真正掌握大权，谁的权力大，谁的旨意就大。
实际情况中就是具体情况具体分析了。一般而言，作为皇帝的母亲，太后和皇帝之间并不会发生什么剧烈的冲突。就算不是皇帝的亲生母亲，按照封建时期的礼制，皇帝还是要尊重太后，而太后也不能干涉朝政。
在国事上，一般而言后宫不允许干政。但是当太后临朝的时候就不一样了。在中国历史上多次出现太后临朝的局面，当太后临朝的时候，皇帝都要听命于太后，不够太后或者摄政王之类的一般都会以皇帝的名义来号令天下。很少有太后直接向天下颁布懿旨的，除非当时皇位空缺。
那么在实际中就是谁掌握的实际权利大，就是执行谁的旨意，比如秦始皇时期，秦始皇的权利最大，自然就是听秦始皇的。而三国时期曹操挟天子时期，就是曹操的权利大，就要听曹操。
太后要是有实权，那么发布的旨意就是一懿旨为主，皇权在这里没啥用。比如我们熟知的就有慈溪，在慈溪摄政时期，皇权是可有可无的存在。
基本上皇帝管天下大事，太后皇后管皇宫内部的事，基本是懿旨只管皇宫内部的事，剩下就是宣个谁谁谁进宫，太后召见之类的，总之都是和后宫有关的。太后、皇后之类的旨意基本上只能在后宫通行。
结语：

其实不管是皇帝的权利大还是太后等执政者权利大，只要于国家、百姓等事物是好的发展，一切就是好的。要是反之对国家不利的，无论是皇帝还是太后在百姓心中也都是一样的。
比如：战国时期秦昭王的母亲“宣太后”，宣太后执政时也给秦国带来了不可忽视的消极影响。还有近代的慈溪。
皇帝其实也就是古代统治者的一个称谓罢了。对国对民有力的君主都会得到民众的拥戴。“水能载舟亦能覆舟”道理谁都懂。但是历史上被百姓颠覆的王朝是数不胜数，国家还是要是民为重才能长盛不衰。