明仁天皇是一位鱼类学者，专门研究鰕虎亚目。属于日本鱼类学会，并针对自己的研究在同学会志上发表了29篇论文。1992年向《科学》（Science）杂志投稿，题为“Early cultivators of science in Japan”。另又分别于2000年及2008年两度在《基因》（Gene）杂志上发表论文。 
1980年，伦敦林奈协会外国会员，1986年（昭和61年）成为该会名誉会员。
澳大利亚博物馆研究会员。
伦敦动物学会名誉会员。
阿根廷自然科学研究所永久名誉会员。
此外，明仁还于1998年获颁皇家学会（Royal Society）查尔斯二世奖章；2007年访问欧洲五国期间又成为瑞典乌普萨拉大学名誉学员。另外，鰕虎亚目的两个新品种分别于1992年和2005年被命名为Platygobiopsis akihitoExyrias akihito（akihito即“明仁”的罗马化转译），以表彰他在鰕虎亚目上所做的研究贡献。