9月2日晚，对于深化新三板改革、设立北京证券交易所，证监会相关负责人在答记者问时表示，未来将统筹协调多层次资本市场发展布局，推动健全资本市场服务中小企业创新发展的全链条制度体系，着力打造符合中国国情、有效服务专精特新中小企业的资本市场专业化发展平台。
据悉，未来建设北京证券交易所的主要思路是，严格遵循《证券法》，按照分步实施、循序渐进的原则，总体平移精选层各项基础制度，坚持北京证券交易所上市公司由创新层公司产生，维持新三板基础层、创新层与北京证券交易所“层层递进”的市场结构，同步试点证券发行注册制。
证监会透露，在实施过程中，将重点把握好以下原则：
坚守“一个定位”。北京证券交易所牢牢坚持服务创新型中小企业的市场定位，尊重创新型中小企业发展规律和成长阶段，提升制度包容性和精准性。
处理好“两个关系”。一是北京证券交易所与沪深交易所、区域性股权市场坚持错位发展与互联互通，发挥好转板上市功能。二是北京证券交易所与新三板现有创新层、基础层坚持统筹协调与制度联动，维护市场结构平衡。
实现“三个目标”。一是构建一套契合创新型中小企业特点的涵盖发行上市、交易、退市、持续监管、投资者适当性管理等基础制度安排，补足多层次资本市场发展普惠金融的短板。二是畅通北京证券交易所在多层次资本市场的纽带作用，形成相互补充、相互促进的中小企业直接融资成长路径。三是培育一批专精特新中小企业，形成创新创业热情高涨、合格投资者踊跃参与、中介机构归位尽责的良性市场生态。
对于证监会的相关表述，北京南山投资创始人周运南认为北京证券交易所的成立，最直接最快享受到政策利好的就是精选层企业，将不用再通过转板上市就可以直接升级为上市公司了，可享受到与沪深A股上市公司一样的待遇。
而之后通过精选层的传递效应，可拉动创新层企业积极申请成为精选层企业，带动基础层企业快速成长跻身创新层，让新三板内部三层的层层递进效应更加明显。 
资深投行人士王骥跃也表示，预计未来精选层会加速壮大，交易和融资功能提高，投资者门槛降低，主要承接沪深交易所不能上市的中小企业。
未来，证监会将指导全国股转公司，加强与有关方面的协同配合，扎实细致做好北京证券交易所设立的制度规则制订发布、技术准备等工作，推动完善配套政策，确保这项改革平稳启动、顺利实施，把大事办稳、好事办好。