| 送交者: 海不群[♂★★声望品衔9★★♂] 于 2020-06-18 10:57 已读 1863 次 1 赞 | 海不群的个人频道 |
六月中旬，在新发病例清零50多天后的首都北京，再次发现新发病例。最先发生在新发地农贸市场，并且在海鲜市场的三文鱼案板上查出新冠病毒。到今天北京新发病例增加至159例。国家疾控中心的科学家在第一时间采集了样品，进行了全长基因测序。经过拼接后，其中三株高质量序列于今日凌晨上传到全球最大的冠状病毒数据库。 6park.com
分析这三株 SARS-CoV-2 序列，不难发现，该病毒株是参与欧洲，纽约州广泛传播的病毒。这个病毒株占全世界病例数的60%以上 （我会在文章接受后做一个介绍）。病毒带有T14407C 和A23403G 两个主要突变，和241，3037两个次要突变。这个病毒株在传播过程中，有一些病毒获得了28881-28883三个碱基突变。分析这些突变的类型，非常容易地追踪到这个病毒地传播路径。
在今天凌晨看到这些序列后，我把它们和病毒数据库里的48310个全长基因组进行了比对，发现三株病毒都含有241/3037/6026/14407/23403突变和28881-28883三个碱基突变（见图）。比对所有序列后，发现符合这些突变地已经上传的病毒株只有来自哥伦比亚的图马科（Tumaco）的一位27岁的男性病人分离出的病毒完全匹配北京新发病毒株，该病毒的基因登记号为EPI_ISL_456154，基因序列中带有一个特定的突变：C2026T， 因而基本可以确认，北京新发病毒来源于哥伦比亚。 6park.com
6park.com贴主:海不群于2020_06_18 14:17:55编辑
贴主:海不群于2020_06_18 14:46:14编辑评分完成：已经给 海不群 加上 50 银元！
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