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3个最近在北京取样的新冠病毒序列并不一样,暗示可能早在1-2个月前,新冠病毒已经在北京社区里默默传播了。 6park.com撰文 | 史隽 6park.com在4月21日的一篇日记《详解病毒基因序列追踪流调大法》里面,我曾经提到过病毒序列共享和Nextstrain这个计划。 6park.com一场流行病暴发以后,世界各国的科学家们都会测序新收集到的病毒样本。因为疫情紧急,很多科学家会把尚未发表的病毒基因序列上传到一些共享数据库 (例如GISAID),和全世界共享。 6park.com西雅图弗雷德·哈钦森癌症研究中心的Trevor Bedford等病毒进化专家团队组织了一个名为Nextstrain的项目。科学家们会尽快去把共享的病毒序列下载到Nextstrain的后台,将这些序列纳入全球传播地图,并在nextstrain.org上公布新冠病毒的基因组流行病学的最新信息,更新病毒家族树谱。 6park.comNextstrain软件平台在过去几年逐步开发完善,曾应用于埃博拉、Zika和季节性流感等疫情,旨在让基因组流行病学在疫情期间尽快地发挥作用。今年它也在时刻更新新冠病毒的传播信息。 6park.com今天,Nextstrain的twitter公布了新的3条新冠病毒基因序列,均来自最近北京暴发的病毒样本。这3个样本采集于2020年6月11日,两个来自于感染者,一个是环境采样。由中国疾控中心病毒病预防控制所(NIVDC)快速测序并且在GISAID共享。 6park.com这3个序列落在一个进化簇中,该簇包含了很多来自欧洲的样本(图1,上下两幅),和2020年3月19-20日采样的3个输入北京的病毒的基因序列很不一样。 6park.com | |||
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