《宗教事务条例》的修订是全国宗教工作会议精神的体现，遵循了习近平总书记的要求——“必须坚持政教分离，坚持宗教不得干预行政、司法、教育等国家职能实施，坚持政府依法对涉及国家利益和社会公共利益的宗教事务进行管理”。
具体有三个亮点。
第一，政教分离，强调任何人不得以宗教名义干涉国家职能。
这包括两个方面的内容，一是明令禁止在国民教育机构传播宗教思想，这些年来，不少宗教机构都在社会上开展学经班等类型活动，如果是成年人并在宗教场所内开展，这当然是没问题的。但也有一些活动进入了中小学校，这实际上已经违反了《宪法》和《教育法》，但一些地方对此缺乏明确认识，没有给予有效管理。《条例》则直接从宗教角度明确限定。
二是，规范宗教的社会治理职能。宗教能在社会治理上发挥作用，如果群众愿意，宗教介入一般社会矛盾调解等等也是好事。但是，必须注意，不能用发挥宗教的社会治理作用替代政府的社会管理职能，过去少数地方把过多的政府权力赋予某些宗教组织，甚至让宗教担负起司法职能是很不合适的。
西藏在这方面做的比较好，昌都、那曲等地每年因为挖虫草都会发生一些纠纷，寺庙经常介入调解工作，发挥了一定作用。但政府对此也做了明确规范：
一，已经涉法特别是涉及刑法案件，即使当事双方都愿意让寺庙调解，寺庙也不能接手，必须由政府司法机构处理。二，不涉法纠纷，如果群众找到政府，政府不能再把群众推给寺庙，这是不负责任的。
第二，依法治国，依法管理宗教事务，任何宗教都必须在国家法律范围内活动，不得以宗教信仰名义不服从国家法律。上帝的归上帝，凯撒的归凯撒，自古以来，中国一直是世俗化社会。
近年来，在依法管理宗教事务上，有两个值得一提的事件，一是2015年，浙江依法拆除违建的基督教及其他教派活动场所等，有外媒攻击中国干涉信仰自由，这是无稽之谈。中国政府不限制宗教信仰，但是一切宗教场所建设必须符合建筑管理规定，获得政府批准。二是最近青海、甘肃、宁夏等省区治理清真寺高音喇叭扰民问题。信仰是个人内心事务，以不干扰他人为基本前提。过高的声音对信教群众和不信教群众都是一种干扰。国家早有设置相关规定，必须执行。

青海化隆政府为减少噪音，拆除县内多座清真寺高音喇叭（图为化隆群科清真大寺航拍）
第三，强调坚决打击宗教极端主义，从源头上遏制三股势力，打击某些外国敌对势力借某些宗教名义对我国的渗透。
近年来，极端主义势头有所上升，也引起了中央高度重视。
例如，俞正声主席在参加全国人大宁夏代表团审议和今年在宁夏考察时都明确指出:坚决反对和遏制宗教极端主义。新疆颁布的《去极端化条例》对极端主义的具体表现形式做出了明确规范，宁夏自治区党委前任书记李建华也曾明确指出:对市场上出现清真标识泛化的倾向，比如清真水、清真牙膏、清真纸、清真化妆品等，我们一定要从维护国家安全的高度，提高警惕。
“清真精制盐”……
《条例》修订，是宗教管理法治化的一大推进。由于不同宗教各有特点，今后宗教管理法治化还需要进一步细化针对不同宗教的管理规定。
比方说，近年来对藏传佛教活佛转世和认证制度的规范化，就很好地保护了藏传佛教和信教群众的利益，遏制了类似朝阳区仁波切这些随意自封活佛、从不修行、主要骗钱的败坏宗教声誉、伤害群众感情的行为。
总而言之，宗教管理法制化，对宗教、信教群众、不信教群众的利益，都是从根本上的保护。