据中评网报道，“经济民主联合智库召集人”赖中强，指责马英九访陆属于“叛国行为”。对此，马英九基金会执行长萧旭岑回应称，主张“台独”才是“叛国罪”，如果民进党坚持“台独”立场，就赶紧去修改法律。
此前，台行政机构负责人陈建仁呼吁马英九，在大陆高层面前宣示“主权”，遭到了萧旭岑的驳斥，他还强调，台湾不是国家，而是属于中国的一部分。萧旭岑的表态，引来了绿营的围攻。民进党“立委”吴思瑶表示，在台湾没有人会认同马办的说法，台湾与大陆“互不隶属。”吴思瑶还颐指气使地表示，马英九乐意成为中国大陆的“棋子”，在国际社会不断为台湾发声，且用各种方法强化台湾的重要地位的情况下，只有国民党在为大陆说话。

对于民进党方面不断宣扬的“台独”言论，萧旭岑反击称，台湾与大陆都属于中国，陈建仁与民进党“立委”的言论，都违反了台湾的法律，美日方面都不会同意。此外，萧旭岑还嘲讽称，如果陈建仁和民进党“立委”认为“台湾是独立的国家”，就赶紧去修改法律为此正名，同时把从“中华民国”领的薪水原数缴回，不要一边领着薪水，一边高喊“台独”言论。
与此同时，国民党“立委”牛煦庭也出面力挺马英九，称按照台湾法律的规定，台湾本来就是中国的一部分，这并没有错。对于萧旭岑嘲讽民进党当局修改法律的言论，牛煦庭也表态称，民进党如今又没有修改法律的行动，又要讲不符合法律规定的言论，就是在搞政治诈骗。
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对于马英九访问大陆一事，牛煦庭也是完全支持的。他称马英九去年访问大陆的时候，虽然被外界所质疑，但是马英九的出访却对国民党有很大帮助，而且他也站稳了立场。在支持马英九的同时，牛煦庭也道出了自己的担忧。他表示，虽然国民党主张与大陆维持友善对话的关系，但是他并不希望国民党继续成为民进党当局的“剎车皮”。
牛煦庭指出，民进党在接下来的四年依旧是执政党，现在马英九访陆只是基于他自己的想法，但是他访陆的安排，却是蓝营内部大都乐观其成的。在过去国民党基于两岸和平，维护台湾人民安全维系两岸关系时，却一而再再而三地被民进党所批判指责，如今民进党要是真的想要修缮两岸关系，就要从自己的管道思考，如何与大陆建立有效而且务实的对话管道了。

其实正如牛煦庭所言，对于马英九访陆一事，民进党方面也是乐意之至的。在马英九决定访陆之前，马英九基金会的相关人员就已经将文件送到了蔡英文的办公室，并向其报备。而蔡英文办公室也就此事回应称，已经收到马英九的出访申报，会尊重他的个人行程规划，并与相关单位就此行的安全事宜等方面，给予必要的协助。民进党其他官员，也表示尊重马英九的规划行程。

民进党方面之所以支持马英九访陆，是因为自大陆渔船翻覆事件之后，两岸的关系进一步遇冷，马英九此行不仅可以为两岸关系带来更多的缓和空间，还可以帮赖清德，在上任之前带来一种相对轻松的氛围，还有利于维护台湾民众的自身利益。至于民进党方面的部分指责，不过就是装模作样的咋呼而已，他们并没有胆量抗衡台湾的法律。