1111例全球新冠基因组谱系图新变化
首先，这是一篇科普文章。是介绍或翻译陈述各国实验室上传的新冠病毒基因组图谱信息。这里不存在作者自己所下的结论。如果已经抱有主观结论的人，不愿意面对客观事实的人，为甩锅不择手段的人，逢美必骂的人，建议可以绕道了，免得会让你老心情不美。 6park.com到北京时间3月24日中午左右，"下一个病毒株”网站数据库GISAID已增加到1111个COVID-19新冠病毒基因组（ auspice566个全球新冠病毒基因组谱系图）。 6park.com现在网站展示的病毒系统发育树，几乎每天都有一些变化。虽然树形图基本仍然延续了原来的大组（L）和小组（S）两个亚型布局，但是现在越来越趋向于形成三个大的分支，加上众多数据量还不多的小分支。 6park.com第一个大变化，原来位于大组里的欧洲主爆发族与原来S组被互换了位置。这显示对根部分支的判断还不是十分牢固，正象那个“荷兰独立支”最初在不同的两个位置摇摆不定类似（参考：荷兰发现新冠病毒新支，对探寻COVID-19起源有新的重大线索）。第二个比较大的变化，原来L组的许多分支的探源路径越来越清晰，而聚合成一个更大簇，小编暂时称之为全球簇吧，这个簇里包括欧洲、亚洲、大洋洲、北美和南美巴西等基因组数据。被放进大组里的原来S型组就暂且称之为环太簇吧，因为这个簇主要包括东亚、东南亚、大洋洲、美国华盛顿州主暴发簇以及南美智利的基因组数据，即主要是环太平洋国家的数据，也有少量欧洲样本。
 6park.com（COVID-19系统发育树矩形图，截止到3月24） 6park.com上图是全部1111个数据系统发育分支矩形图。横轴是采样时间顺序。可以分成三个时间阶段： 6park.com在2020-01-06号之前的数据都是武汉数据（紫色部分），最早的一个武汉病例采集日期2020-12-24日。这也是疫情的第一阶段，即武汉传播阶段。从2020-01-07到大约2020-02-20号左右，是中国疫情暴发和控制阶段，主要波及到东南亚和韩日等国家。这是疫情的第二发展阶段。在这一阶段中，除了韩国因为出了邪教幺蛾子曾发生大面积集体性感染之外，新加坡、越南、泰国、香港、台湾、日本等地区都相对控制得比较好。这一段时间的样本也主要来自于这些地区。大约从2020-02-21之后，伊朗和欧美国家的疫情开始迅速大规模暴发，这是疫情的第三阶段。这一段时间的数据库数据主要来自这些地区，同时来自中国的样本（蓝色部分）也继续在增加。图中红色部分是表示美国的样本，而绿色、黄色、橙色等是欧洲的样本。虽然伊朗疫情很严重，但来自于伊朗上传的数据仍然没有。但从伊朗输入到其他的国家的病例有不少。下图是网站显示的新冠疫情全球扩散图。有三大传播中心。分别是中国、伊朗和欧洲。紫色线是表示从中国（武汉）向外的输出传播。深蓝色线表示从伊朗向外的输出传播（注意缺少伊朗样本，这是根据截获从伊朗输出样本而分析的）。黄、绿、橙色线表示从欧洲向外的输出传播。美国向外输出的样本很少，基本上都是向美国输入。如果新冠病毒早就在美国传播，应该会看到相反的输出结果。
 6park.com（COVID-19全球扩散传播图，截止到3月24日） 6park.com需要继续重点说明的是，几乎每个国家都有很多不同的输入源。从国际人口流动的逻辑上看，也应该如此。甚至美国一个华盛顿州都有好几支不同的输入源。所谓“零号病人”，对于大部分输入地区来说，已经失去意义。比如从按时间顺序的辐射雷达图来看，荷兰的样本几乎在每个分支里都有出现，这也是因为最近两周荷兰上传了大量数据。这显示了新冠疫情极为复杂的国际感染和传播路径。
 6park.com（COVID-19系统发育树辐射雷达图，按时间顺序，截止到3月24日） 6park.com欧洲的主暴发簇比较显眼。由于欧盟一体化，国家之间可以自由通行，这个主暴发簇在欧洲地区传播最为广泛。必须要说明的是，欧洲地区并不仅是这一支，而是有非常多的不同输入来源支系，只不过由于超级毒王的传播，这一支发展得最为壮大。从这个欧洲主暴发簇向外传播地区主要是南北美洲和非洲，以及大洋洲。显然由于这个暴发簇的传播贡献，新冠疫情终于点亮全球。 6park.com 6park.com（欧洲主暴发簇系统分支矩形图，截止到3月24号）
 6park.com（欧洲主爆发簇全球传播路径图，截止到3月24号） 6park.com需要进一步说明的是，从欧洲主暴发簇传进了美国多个州，包括纽约州、威斯肯星州、加利福尼亚州、华盛顿州和犹他州等。其中传进华盛顿州的这一支仅次于与武汉或福建病例有关联的华盛顿州暴发主簇。从分支图上看，从欧洲主暴发簇传进美国主要是由法国人和荷兰人完成的。虽然特朗普第一时间从中国撤侨断航，较大程度上阻断了疫情传播，他却忘记关闭欧洲大门，病毒利用欧洲人暗度陈仓，大面积在美国各个州播种。 6park.com 6park.com（从欧洲主暴发簇传进美国，上为系统发育分支图，下为传播路径图，截止到3月24日） 6park.com有的人对欧洲主暴发簇很感兴趣，甚至妄加揣测，说中国的疫情是由欧洲传入的（制造阴谋论推陈出新）。实际上这是不符合基因溯源原理的。最近上海方面实验室上传了三个新样本是在这个簇上。从这个主簇的根部看，其中上海SH0014样本，加上新上传的一个芬兰和荷兰样本，以及原来德国巴伐利亚样本，构成了这个簇的最早几个样本。上海SH0014样本、德国巴伐利亚样本和芬兰一例样本，都是只有2步突变，基因序列完全相同。荷兰样本有3步突变。以后突变暴发的欧洲主簇都是以这个2步突变的基因序列为祖先。上海和德国样本又是1月28号同天采集。如果说是欧洲人或德国人把病毒传播给了这个上海人，但这时都已经到2020年1月底了，武汉疫情都已经扩散一两个月了！这个上海人难道是乘坐时光穿梭机回去传播的？所以这个逻辑错误与中科院西双版纳热带植物所郁文彬所犯错误是一样的，就是不考虑时间先后关系。（参考：全基因组解析看全球SARS2病毒关系）。
 6park.com（欧洲主暴发簇突变矩形图，注意根部位置） 6park.com 6park.com（欧洲主暴发簇突变雷达图，注意根部位置） 6park.com 6park.com（欧洲主暴发簇根部三例） 6park.com最近还有个意大利医生火了，他在被问到“意大利为何在疫情暴发后表现得措手不及”时，说“在意大利北部地区，在中国疫情暴发之前，这种病毒或许已在传播中”。DeepTech还去采访了他（参考：网传去年11月意大利已出现病毒传播？独家发布意专家本人解读），结果这个医生说他要表达的意思是“病毒在被发现前可能已经在传播”，而对于更早期的肺炎病例，“我没有这方面的科学证据。”“目前从科学角度看，我们可以判断新冠病毒首先在武汉被发现。”他说，“在中国公开之前，它可能已经在武汉传播了一段时间，从遗传学角度可以准确地证实这一点。通过《新英格兰杂志》的论文（DOI:
10.1056/NEJMc2001468）可以发现，该病毒是通过一位与中国人有过接触的德国人到达意大利的。”总而言之，在他看来，根据《自然 ·
医学》杂志上发表的基因研究，这种病毒是从中国传到意大利的。 6park.com有的人不懂基因溯源原理，在微博上说欧美国家的病例其突变步数比中国更多，需要演变的时间更长，所以病毒是在欧美国家先出现的。大凡是谣言和错误的东西，更能迎合人心，也更容易“被理解”，也都比事实和科学理论传播快得多。在解释这个问题之前，我先科普下病毒学家是怎么利用病毒突变来溯源的，系统发育树是怎么画出来的。病毒溯源原理与分子人类学溯源原理是一样的，突变是在DNA复制过程中因为发生错误而产生，只不过病毒复制很快，人需要生孩子才能把突变传下去，但病毒几分钟就不知道要复制多少个，所以我们可以在很短时间内看到病毒发生了快速突变。 6park.com如下图示意，表示新冠病毒的基因序列，上面有B、M、A、C、E、F、N基因位点。第一条表示原始病毒，没有发生突变。第二条X1表示在A点发生了突变。X1的子孙X2和X3又发生了突变，X2在B点，X3在C点，后代会保留祖先突变，即X2和X3都保留有A突变。这是突变了两步。X2的子孙X4在E点发生突变，X6在F点发生突变；X3的子孙X5在M点发生突变，X7在N点发生突变。如下图。 6park.com
 6park.com实际上，基因学家拿到如上面的数据，他需要有一个逆推过程。首先他注意到这7个样例在A位都有发生突变，且X1只有这一个突变，很显然X1是所有7个样本的祖先。其次他注意到X2、X4、X6这三个样本在B点都有相同突变，且X2没有X4和X6的第三个突变，所以可以判断X2是X4和X6的祖先。同样逻辑，可以判断X3是X5和X7的祖先。这样他就可以画出如下的系统发育树图。 6park.com 6park.com以上是理想情况，在实际过程中，很可能会发生巧合突变、回复突变等很多情况，增加了分析错误可能性和不可靠性。由于2019新冠病毒基因只有29000bp左右，即两个不同人携带的病毒同时在A点发生相同突变的概率是1/29000，也就是说一步突变的巧合概率还是相当高的。即虽然都有相同的突变，但很可能有不一样的祖先。所以我们可以看到开头一幕，欧洲主簇与原来S组位置互换了。但如果继续二代、三代到N代突变。那么后续分支巧合的概率就是1/29000n次方，这就非常小了。但在其根部一步突变地方，仍然存在不可靠性。即越到后面的子孙，越不可能认错祖先；但越在前面，长得一样的祖先就越多，就可能会认错。 6park.com但是上面推理是在有0号参照情况下，如果没有0号，在有多个分支情况下，又怎么知道谁才是根呢？
除了引进外源（蝙蝠新冠基因组）作为参照，实际上，样本时间也提供了一个很好的参照系。下面两图都是COVID-19无根树，上面一张图是按照突变枝长画的，下面一张图是按照样本采样时间画的。一般来说，时间在前面的是祖先。武汉最早样本比欧洲样本早了约3个月。所以很容易判断突变方向。而后续新增加的突变，又夯实前面的判断。 6park.com 6park.com（COVID-19按突变无根树，截止到3月24日） 6park.com
（COVID-19按时间无根树，截止到3月24日） 6park.com确定了根部，确定了突变方向，我们再看所谓欧美样本突变大多比中国样本多的问题。首先这是因为中国的大部分样本都是集中于第一和第二阶段，而欧美样本集中在第三阶段，即时间上要晚一两个多月，自然突变数要多一些。其次，欧美样本突变上游祖先都是武汉或中国样本的突变。即不管下游有再多的突变，也改变不了上游突变。这就是祖先记忆。如下图，西雅图主簇暴发是在6步突变，其前面4步突变也是中国（武汉）样本所具有的，不可能后来样本把突变传给时间更前面的，只可能是继承下来。欧洲主簇暴发是在3步突变，在4、5、6、7突变时都有大量样例。而新提交的广东和上海样本也有到10步突变了。
 6park.com（COVID-19
系统发育树，横轴是突变数）第三个原因，数据异常问题。最近几天，有个别新传的数据突变数很大，可能属于异常情况，后来很快被系统修正。还有如上图荷兰独立支，三月份的数据却大多只有1-4步突变，这似乎也是不符合突变速率，就是说突变又太慢了！（参考：荷兰发现新冠病毒新支，对探寻COVID-19起源有新的重大线索）。后来从朋友处获得消息，这个新冠病毒真的很诡异，它的突变速率还可能存在休眠期。而有些异常突变，是否属于突变加速呢？ 6park.com 6park.com这次新冠病毒基因图谱的新变化就介绍到这里。需要再说明的是： 6park.com这个基因溯源，根据已有基因组数据，揭示新冠病毒最早的根是在武汉。这是网站给出的基本事实，并非小编给出的结论。这个数据库是全球科学家共享数据库，其数据量最大，也最公正客观。尊重科学，尊重事实，是一个优秀的态度。那么有没有比武汉更早新冠病毒基因组样本？至少现在数据库中没有，未来能不能找到，这是未知数。比如在那个意大利伦巴第能不能找到比武汉更早的新冠病毒样本？所谓美国流感、电子烟肺炎病例中能不能找到比武汉更早的新冠病毒样本？我只能说不排除任何可能性，但这需要给出样例和证据。逻辑学上有个奥卡姆剃刀原理，常用于两种或两种以上假说的取舍上：如果对于同一现象有两种或多种不同的假说，我们应该采取比较简单或可证伪的那一种。这一表述也有一种更为常见的强形式：如果你有两个或多个原理，它们都能解释观测到的事实，那么你应该使用简单或可证伪的那个，直到发现更多的证据。对于现象最简单的解释往往比较复杂的解释更正确。如果你有两个或多个类似的解决方案，选择最简单的。需要最少假设的解释最有可能是正确的。 6park.com这篇文章就是帮助你了解一点新冠病毒的科学事实。然后，你是否能尊重事实、承认事实，这是个人甚至国家的价值取向。而对各种利益取舍又是一种全面的综合考量。如果要高举人类命运共同体旗号，那就不能失去道义。 6park.com在上篇3月17号文章“566个全球新冠病毒基因组谱系图”里，有快上千留言评论，但公号文章最多只能上墙100个。许多留言我甚至没来得及看。如果你觉得有话需要小编回复，建议可在此篇下重发。 6park.com更多参考： 6park.com对新冠肺炎死亡率低估是让欧美国家付出代价原因之一鉴别谣言：武汉军运会期间有关美国军人的报道566个全球新冠病毒基因组谱系图全球192个新冠病毒系统发育树揭示病毒全球传播过程全基因组解析看全球SARS2病毒关系
6park.com 566个全球新冠病毒基因组谱系图 6park.comOriginal 兵策儒剑 鹰蛇之夏 1 week ago 6park.com到现在，还有很多人被中国科学院西双版纳热带植物所郁文彬等人论文所误导，其有两个根本性错误，第一，是错误把下游分支说成是可能“古老”类型；第二，是错误进行不科学的人为分组，弄成所谓的“五个病毒株”，其流毒至今还在。学术论文犯下如此错误，可能与其最初分析的全基因组样本少有关（93个），也存在故意蓄意误导目的可能性。还有一篇日本的论文，被不懂基因关系的人拿来乱说，就象不懂英语语法的人乱翻译美国人的一句话一样。 6park.com到2020/03/17，GISAID数据库已有566个来自全球实验室的2019新冠病毒全基因组样本。新增加的全基因组样本主要来自于欧美国家，以及中国广东等地的样本。病毒突变很快，正是基于此，可以构建新冠病毒系统发育树。本文是在本公众号文章全球192个新冠病毒系统发育树揭示病毒全球传播过程基础上继续进行分析。 6park.com下图是至今的566个新冠病毒系统发育树全貌。所有分支仍然是根植于武汉最初爆发的两个亚型，即L（大组）和S（小组）。GISAID数据库则分别用A和B分组。
 6park.com现在网站做了一些改进，几乎每个样本的传播关系，都可以在图上可以直观看到。本文不按照网站的原分组编号，而是如上图自行编号，来看看样本量比较多的一些分支详细情况。 6park.com先来看B组。 6park.comB1：这个分支簇较早前的样本有福建、重庆和广东的样本，以及编号为USA/WA1/2020美国华盛顿州西雅图的1号样本，这也是全美最早的一例样本，其和福建8号样本（Fujian/8/2020）关系很近，已发生3步突变。病毒在发生5步突变后，在华盛顿州和加利福尼亚州发生了广泛的社区传播。其中明尼苏达州1号样本（USA/MN1-MDH1/2020）是从加利福尼亚州传播过去的。
6park.com 6park.com上图显示分支矩形图，下面地图显示传播关系 6park.comB2：该簇分支最早一个样本是2020/1/5号的武汉4号样本。该分支大部分样本都是来自广东和山东的样本。其国际传播关系很复杂。台湾有2例。新加坡有2例。比利时、澳大利亚、美国伊利诺斯州各一例。地图显示美国这例样本是从武汉直接传播的，是一位63岁的芝加哥女性。
 6park.comB3：该簇最早三例样本，都是来自深圳，从2020/1/11-2020/1/13号。另有6例广东样本。2月7号的山东潍坊29号样本（China/WF0029/2020）与3月2号的德国巴伐利亚3号样本（Germany/BavPat3/2020）有较近的关系。有3例日本样本。有美国亚利桑洲凤凰城的1号样本（USA/AZ1/2020）和德克萨斯州的1号样本（USA/TX1/2020），后者是直接输入的湖北病例。
 6park.comB4：该分支簇比较简单，样本全部来自北京和韩国，北京有4个，韩国有7个。在北京的韩国人有不少，其传播关系当比较简单。
6park.com 6park.com再来看A组。 6park.comA1：该分支是个国际大簇。最早两例样本分别是1月18号的湖北5号样本（Wuhan/HBCDC-HB-05/2020）和同日的重庆1号样本（Chongqing/IVDC-CQ-001/2020）。法国一例样本是1月29号输入的湖北病例。矩形图显示美国纽约州1号样本（USA/NY1-PV08001/2020）是从伊朗输入的。1例加拿大样本（Canada/BC_37_0-2/2020）也是从伊朗输入的。根据分析，1例美国华盛顿州样本（USA/WA-UW22/2020）也是从伊朗输入的。其他澳大利亚10例、新西兰1例、英格兰3例和德国1例，也被认为是从伊朗传播开的，并发生新的突变和社区传播。该簇还包含有新加坡1例、日本3例、香港2例，与重庆1号样本和另一例英格兰样本聚合在一个小簇内。另外包含广东、山东、荷兰各一例。 6park.com 6park.comA2：该分支是个比较奇特分支，样本主要来自于荷兰。最初上传于3月9号。本公众号文章有介绍：荷兰发现新冠病毒新支，对探寻COVID-19起源有新的重大线索。最初该分支与全数据库最早的一例即2019/12/24日的武汉1号样本有密切的根部关系，因为该分支的荷兰大部分样本突变数只有1-2步，使分支位置判定不太可靠，后来几天该分支的位置反复摇摆，现在该簇仍然与武汉1号放在一起。另外该簇内又增加了3例苏格兰样本，和美国明尼苏达州2号样本（USA/MN2-MDH2/2020），分析推测是从荷兰输入的。最初加入的加州6号样本已从本簇移除。
 6park.comA3：该簇目前样本量很多，主要来自于欧洲。其最早的一个样本是1月28号德国巴伐利亚州1号样本（Germany/BavPat1/2020），从传播学溯源，该例样本与在德国工作的一家上海公司职员有关。但是该大簇目前还没有来自中国大陆的基因组样本。有一例66岁的台湾女性样本，矩形图显示是被法国人传染的。从这个大簇又传播到南北美洲，其中包括美国华盛顿州2例和加利福尼亚州1例，以及非洲尼日尼亚、刚果、埃塞俄比亚，和亚洲尼泊尔等地。该分支是病毒在突变到第4步时爆发，在5、6、7和8步突变位置上都有大量样本。
 6park.comA4：该分支簇也是一个比较大的国际簇。其最早一例样本是1月22日的美国加利福尼亚州2号样本（USA/CA2/2020），矩形图显示该样本是输入的一位54岁湖北男性病例。也包括有2月7日的武汉5号样本（Wuhan/WH05/2020）。以及两例意大利样本，其中一例为输入的湖北病例。从意大利伦巴第大区输入到巴西一例。有美国华盛顿州3号样本（USA/WA3-UW1/2020），矩形图显示该样本是从韩国输入的。有1例美国纽约州样本（USA/NY-NYUMC1/2020）。其他样本数较多的国家有英格兰、荷兰、芬兰、香港、新加坡、法国、韩国、澳大利亚，以及瑞典、瑞士、台湾和广东各一例。 6park.com
 6park.comA5：该分支样本数目前不多，有山东、深圳、佛山各一例，加拿大两例均为输入的湖北病例。以及美国加利福尼亚州3号和4号样本。
6park.com 6park.comA6：该簇样本主要是中国样本（11例），有广东、江苏、福建的样本。美国威斯肯新州1号（USA/WI1/2020）和加利福尼亚州5号（USA/CA5/2020）都是输入的湖北病例。另有新加坡和印度各一例。
6park.com 6park.comA7：该分支簇是一个比较庞大的有众多国际分支的大簇。其最早两例样本为2020/1/2的两例武汉样本。经过突变后在本地社区传播的分支有英格兰、美国加利福尼亚州、荷兰、德国、新加坡、澳大利亚分支，以及中国各省、泰国和韩日等样本。 6park.com 6park.com从以上分析，正在传播的新冠病毒有几支比较大的有复杂传播关系的国际大簇，也有在本地突变爆发后相对简单的簇，如欧洲大簇、美国华盛顿-加利福尼亚州大簇、荷兰-苏格兰簇等。虽然伊朗确诊数很多，但目前没有直接来自伊朗的基因组数据。意大利和韩日的全基因组样本数也不是很多，他们大概都在全力抗疫。美国早期病例全部是输入病例而非输出病例，且都位于各分支的下游。美国各州病例几乎都有不同的复杂输入源，这是与国际传播逻辑是一支的。比如笔者就说过，如果反过来，假如病毒是从美国传播开的，这个病毒要传入中国，肯定是首先几乎同时传播到北上广深一线城市，而且输入来源多样（即所谓“多样性”），绝不会只是从武汉一个单点城市先扩散再传播到全国。 6park.com外交部曾发言，关于新冠病毒来源要尊重科学。大家真的尊重科学了吗？ 6park.com做朋友要诚实，国际关系也是如此，否则做不成朋友！不负责任地煽动荷尔蒙最终只会害了国人自己
贴主:王文清于2020_03_28 18:51:31编辑
| 
请点这里投票，“赞”助支持！