英国伊丽莎白女王级设计上的一大亮点就是双舰岛，用两个较小的舰岛取代了传统的单舰岛设计。前方舰岛用于军舰航行控制，后方舰岛（FLYCO）用于飞行控制。
该舰制造商——航空母舰联盟表示双舰岛设计并不是“水多加面、面多加水”循环使然，而是航母设计师在一开始就确定了这种设计。简单来说，双舰岛设计有利于优化燃气轮机的排气。 6park.com
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女王号具有两套动力系统，分别由一台燃气轮机和两台柴油发动机组成，发动机舱室间由水密门隔开，分布于航母舰体的不同区域。也就是说女王号需要两根烟囱来排放动力系统废气，一根烟囱在前，一根在后，这就给舰岛设计提出了难题。 6park.com
制造商一开始想延续无敌级的设计，用一个大型长舰岛来容纳这两根直径2.4米的烟囱，但这种长舰岛会占用过多飞行甲板，影响舰载机操作效率无法让人满意。 6park.com

最后设计师干脆决定采用两个小型舰岛，每个内部容纳一根烟囱。双舰岛加强了对航母甲板空间的利用，得以在两个舰岛之间设置一个升降机，并使下层甲板内的空间布置更加灵活。F-35B从升降机运出机库之后，可迅速完成加油挂弹作业，然后利用自身动力滑向起飞点，提高了起飞效率。后部舰岛内的飞行控制中心也位于控制F-35B进近和降落的最佳位置。 6park.com
这种新颖的舰岛设计还带来了意想不到的好处，风洞测试表明双舰岛能有效降低排烟时飞行甲板上的空气湍流。在紧急情况下双舰岛也能承担彼此的角色，从进一步提高航母生存能力。