1998年4月10日，波布（波尔布特）让妻子密松把他的满头白发染成黑发。密松解释说波布想瞒过内部奸细，又改口说波布打算死后不让人认出他。但不管什么目的都属于无用的挣扎。红高棉参谋长坎农说:“一个人这样做，显示出他内心的极度恐慌。”此前，波布已经把女儿托付给他的秘书狄昆纳尔（Dikunnaer，TepKunnal），让狄昆纳尔在他死后“照顾女儿”。狄昆纳尔是红高棉之中极少的受过教育者，他甚至能说些简单英语，他被选定来撰写美化波布的传记，为此波布与他长期谈话让他记下了许多有关波布的秘密。
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波布向来有收听《美国之音》的习惯。1998年4月15日，晚上8时，波布收听《美国之音》的柬语新闻广播，他听到了关于红高棉和泰国同意即将把他交给国际审判的消息，他知道了事情的真相。大约2个小时以后，波布在他的小木屋里死亡，这地点距离泰国只有2公里。他死于“心脏病发作”，是夜月华如银。这是一个毕生都在蒙面逃奔的人，在他的一生里，其内心未曾有过安宁。不过现在他可以歇息了，沙洛沙。 6park.com
红高棉参谋长坎农说:“《美国之音》的报道带给他的震动可能要了他的命。”塔莫澄清道:“我们没有害他。他当时坐在椅子上等待汽车的到来。不过他觉得很累，于是他的妻子让他躺到床上去。然后他的妻子听到一阵喘息声，这是波布临死时发出的声音。当她去摸波布的脉搏时，发现波布死了。”但死者是一头黑发，而波布是白发苍苍，这让观察家们感到不解。泰国官员还说不能确定波布是否服毒而死。波布的妻子密松肯定地说:“他死于心脏停搏，没有人投毒。他的头发是他要求我给染的，他对我说‘这样一来，如果我死了，人们不会相信这就是我’。”波布，这位神秘的残暴怪物临死之前还想最后一次扰乱世人的视线，让自己成为一个谜。负责看守波布的红高棉战士说:“12时，密松来找我们，说波布死了。她痛哭了一场。如果怀疑有人对波布做过手脚，那就问密松吧，她当时在现场。”4月16日晚红高棉电台简短宣布:“波布于1998年4月15日晚上10时15分病死，终年73岁。”这条消息第一次向世人确认了波布的生年是1925年。 6park.com
波布死亡的消息迅速传遍世界。柬埔寨政府说必须进行尸体检查，以确定死因，并要求红高棉移交波布尸体，还提醒人们“红高棉不仅只有波布一个恶魔，当柬埔寨人民说到波布时，他们所指的不是波布一人，而是整个红高棉。”泰国派遣了一个小组去查验波布的尸体，取了指纹，剪取了尸体的头发和皮肤样品。记者塞耶也受邀察看，塞耶说自己“很仔细地查看了波布尸体，甚至用手指捅了捅他”，看看是否死透。 6park.com
次日，美国总统克林顿声明:“这个罪恶昭彰的红高棉首领去世，不能阻挠我们审判红高棉其它领导人。红高棉是20世纪最冷血恶毒的一个篇章。我们必须阻止这类屠杀的重演，我们决心协助柬埔寨人民以争取基本人权和民主原则为本的持久和平。”美国助理国务卿认为波布的死亡在时间上很是时候，他说:“确保波布从此不再开口，对红高棉其它领导人很有好处。波布当然是穷凶极恶者，但不是唯一的残暴者。”基辛格也说:“我对红高棉向来有恶感，我不排除此种可能，即他们杀死了波布，以免受到压力。”但是基辛格没有指出压力来自何处。 6park.com
中共当局对于波布去世，显然是感到庆幸，希望波布之死可以使国际审判不再被提起。《华尔街日报》说:“北京反对把它的盟友波布送上国际法庭，因为如果波布被送上国际法庭，不知会透露多少惊人的丑恶秘密。”国际上对波布之死的反应很有利于越南，使越南1979年的入侵柬埔寨有了更多的合理性与合法性。西哈努克对波布死亡相当高兴，他说这是“柬埔寨全国人都感到欣慰的事。让他死吧，现在我们的国家非常详和。”不过，很多学者此时指出:“西哈努克必须为红高棉夺取柬埔寨政权而负起部分责任。” 6park.com
1998年4月18日波布尸体火化。几个记者被允许作为见证者观看火化。为了证实波布的死亡，红高棉让波布的遗孀和女儿在记者前曝光，于是世人第一次知道了她们的存在。密松45岁，女儿“西”12岁。西受到惊吓，躲在妈妈的身后蹲在地上。此后，她们便从媒体的视线里消失了。火化照片显示，森林中一块空地是波布的火化场，波布的尸体和一些旧衣服、两个汽车废轮胎、一个旧藤椅、一些树枝木头堆在一起。没有仪式，没有祷告，那几个执行焚化的士兵也没说一句话。波布被焚烧了。远在磅通省的沙洛内布（波布弟弟）对法新社记者说，他将依照佛教传统，为波布举行佛教法事洗罪。

波布行踪诡秘，其身世也有多种版本，直到他死后，外界才终获证实。

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