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答版神网友评论帖
送交者: 苦难与荣耀[☆★★声望品衔11★★☆] 于 2020-06-09 0:18 已读 1090 次 7 赞  

苦难与荣耀的个人频道

有位版神网友写了一篇“评《实验室合成、编辑SARS-CoV-2简明教程》”
https://club.6parkbbs.com/other/index.php?app=forum&act=threadview&tid=12997435 6park.com

评论的是我两天前的文章《实验室合成、编辑SARS-CoV-2简明教程》。 https://club.6parkbbs.com/other/index.php?app=forum&act=threadview&tid=12996959 6park.com

现对版神网友评论帖答复如下。加黑文字是版神网友帖中的内容(部分是对我文章的引用)。 6park.com

先说逻辑:一个物种可以人工复制出来就能说它原本是非天然的么? 6park.com

在人类合成SARS-CoV-2之前,它在自然界并不存在,它不可能由已知的自然界病毒在2019年底自然变异而成。详细理由,参见我的另一篇文章《SARS-CoV-2(新冠)是实验室生成的》的结论四。 https://club.6parkbbs.com/other/index.php?app=forum&act=threadview&tid=12994683 6park.com

2017年Science论文宣布实验室人工合成酵母染色体获得成功。按照该网友的思维方式,被人类使用了几千年的酵母是人造的?谁造的?埃及人还是外星人? 6park.com

一个是人工合成自然界已存在的物种,一个是人工合成自然界不存在的物种。就是这么简单,不用再解释什么了吧? 6park.com

再看数据:‘有网友估算,CoVZC45恰在S1、S2蛋白交接处自然变异出furin酶切位点的几率小于10的负60次方!以上多重证据证明,SARS-CoV-2的酶切位点不可能是自然变异产生的。’ 6park.com

这是哪位网友不过大脑的话也拿来当证据?别说人的全基因组有30亿个碱基对,大肠杆菌也要四百多万碱基!一个12个碱基的位点都不能自然进化出来的话,今天的地球上还能有活物?? 6park.com

我在文章《实验室合成、编辑SARS-CoV-2简明教程》中的原话是: “酶切位点在β谱系冠状病毒中极为少见,SARS-CoV,CoVZC45等病毒都没有酶切位点,β谱系冠状病毒中唯一具有酶切位点的是鼠肝炎冠状病毒;所有与SARS-CoV-2刺突蛋白序列同源性大于40%的病毒都没有弗林(furin)蛋白酶切割位点;有网友估算,CoVZC45恰在S1、S2蛋白交接处自然变异出furin酶切位点的几率小于10的负60次方!以上多重证据证明,SARS-CoV-2的酶切位点不可能是自然变异产生的。” 6park.com

鸭子有蹼,不等于说鸡也能很快进化出蹼;大象鼻子很长,不等于说其它动物也能容易地进化出长鼻子;自然界一部分生物有酶切位点,不等于SARS-CoV-2假设中的自然祖先能很快进化出酶切位点。 6park.com

无酶切位点的现有物种,也许其中10种能在今后50年内进化出酶切位点。但这同样不等于说,SARS-CoV-2的所谓自然祖先,也能在50年内进化出酶切位点。因为这10个物种,没有一种既进化出了酶切割位点,同时又进化成了SARS-CoV-2。 6park.com

对于“有网友估算,CoVZC45恰在S1、S2蛋白交接处自然变异出furin酶切位点的几率小于10的负60次方”,版神网友说,“这是哪位网友不过大脑的话也拿来当证据?”。是某网友不过大脑,还是版神网友不过大脑?这不难判断,过一会我写个估算上述几率的帖子就清楚了。 6park.com

帖子已写好,参见:估算舟山蝙蝠Vir一百年内进化出酶切位点的几率。 https://club.6parkbbs.com/other/index.php?app=forum&act=threadview&tid=12997703 6park.com

"实验证明,替换了四个关键碱基的中间病毒仍然可以与人体ACE2良好结合,轻松地侵入人体细胞。" 6park.com

谁做的实验,发表在哪?实验结果就是一张手绘PPT示意图?? 6park.com

SARS-CoV-2“可以与人体ACE2良好结合,轻松地侵入人体细胞”这难道不是一个常识吗? 6park.com

而且,在文章的同一部分,已提供了一个相关资料: 2020年2月19日,Science杂志刊发了美国德克萨斯大学奥斯汀分校Jason S McLellan团队的一篇重磅论文《Cryo-EM Structure of the 2019-nCoV Spike in the Prefusion Conformation》,其中的两个发现是: a. sars-cov-2与SARS病毒,表面刺突糖蛋白(S蛋白)结构上存在差异,但整体上看相似度很高; b. 经过计算,sars-cov-2的S蛋白与人类血管紧张素转化酶2(ACE2)的亲和力,是SARS病毒S蛋白与ACE2之间亲和力的10到20倍。这应该是新冠病毒的传染性如此之强的原因之一。 6park.com

版神网友是没看到这段内容吗? 6park.com

“替换了四个关键碱基”是我文章早期版本中的一个错误。“四个关键碱基”应为“四个关键氨基酸(残基)”。我看了一下,在30个小时前,该错误已被更正了。我估计是版神网友在30多个小时前,把当时的文章内容保存下来了,照着保存的文章写了评论。 6park.com

“以上的一致性分布有二点明显反常之处:a. S蛋白的两个亚基S1,S2分别发生了5%和31%的变异,但与S蛋白相邻的E蛋白却没有任何协调性变异,这在自然演化情况下几乎不可能发生。b. 自然进化情况下,祖先(CoVZC45)与后代(SARS-CoV-2)之间基因序列上的差异应该大致均匀地分布,相对协调地产生,不应该出现仅某个部分大量变异,而其余部分都高度稳定的情况。其他所有蛋白的一致性都>=94%,唯独S1蛋白的一致性仅为69%,如此突兀的“自然变异”,在自然界很难找到先例。”   6park.com

这段在你之前的大作里我已经指出有多离谱了,可能你没看到,我再好心提醒一遍吧:)   6park.com

首先,楼主犯了一个荒谬的进化生物学错误:把基因相似的一个物种就当成了祖先。现存不同物种是进化树上平行的分支,只是在很久以前有共同的祖先。这么说吧,人基因和黑猩猩最接近,楼主你会把黑猩猩当祖先供起来?    6park.com

当前大多数科学家的共识是,与SARS-CoV-2亲缘关系最近的两种冠状病毒是舟山蝙蝠类SARS病毒bat-SL-CoVZC45 (简写CoVZC45)和bat-SL-CoVZXC21 (简写CoVZXC21),相似性分别为87.5%和87.3%,这两个病毒都是南京军区军事医学研究所2018年公布的,分别于2017年和2015年采集于舟山。 6park.com

如果SARS-CoV-2是自然进化产生的,那么它最可能的祖先是CoVZC45(或CoVZXC21)。 6park.com

如果认为SARS-CoV-2是自然进化产生的,那么,就需要指出它的祖先。版神网友,你能不能在CoVZC45或CoVZXC21之外,为SARS-CoV-2指出一个更合理的祖先?你不会要说RaTG13吧? 6park.com

那么,两个同源物种的不同基因相似程度不一样“极不正常么”?恰恰相反,这是大自然的客观事实。比较基因组学早就发现,在自然选择压力下,行使基本生理功能的基因(也叫持家基因,比如病毒的核心E蛋白)都是相似的,而为了适应不同环境的比如为了感染不同宿主的S蛋白,基因则差异极大。这是物种进化过程中不同基因受到的选择压力不一样导致的结果,再正常不过了。 6park.com

什么样的自然环境能让舟山蝙蝠CoVZC45的S1蛋白发生了31%的变异,而它的其它各种蛋白的变异度却都小于6%?版神网友,你能给出一种可能的自然环境,解释一下如此突兀的“自然变异”吗? 6park.com

另外谈谈技术:基因合成和基因编辑是两回事。 6park.com

在我的文章中,基因合成是指用基因编辑手段批量引入或替换一段基因序列,这个意义下的基因合成也需要基因编辑工具。还有一个概念叫基因重组,它不需要基因编辑工具参与,可在处于同一生长环境(如实验室培养环境)中的两种(以上)生物间自行发生。 6park.com

你的实验设计不说可行性,光这么多步骤,每经过一步都要重新分离菌株,全基因组测序,保证结果正确,没有其他突变产生,工作量超大,成功率极低,费时费力完全不划算。对这么小的基因组,小改动用编辑,大操作应该用全合成。现有的技术合成组装轻松自如,何必拿另一个病毒反复抠抠补补?好比你要印假钞,直接刻板印刷即可,非要拿张5块钱纸币切割修补成50块?   您以为SARS-CoV-2是几个月做出来的?不晚于2013年各项技术就已经在尝试和积累了。 我文章中的所有基因编辑操作对基因神剪CRISPR/Cas9来说都不是问题。 如果不追求新的功能,直接拿SARS过来就行了。酶切位点、新RBD(受体结合域)、O-连接型聚糖结构、非结构因子3A,这些已有冠状病毒不具备的结构,都需要编辑。 你觉得难可以理解,这个事毕竟不是随便找个人就会做。诺贝尔医学奖得主吕克·蒙塔尼耶(Luc Montagnier)4月17日说:要在病毒基因中插入新的蛋白必须通过实验室,这在几年前还比较困难,但是今天已经十分容易。 比贺建奎本事大的人多着呢。 6park.com

最后分析动机:会有什么人,为什么要去制作这么一个危害全人类的生物武器?对他自己能有什么好处? 6park.com

不负责回答这个问题。 6park.com

众所周知,这个病毒沉重打击了中国的全球化战略,不过爆发疫情初期美国倒是挺高兴,认为制造业可以返回美国了。难道楼主暗指美国合成的病毒释放到中国? 6park.com

no idea。 6park.com

6park.com

贴主:苦难与荣耀于2020_06_09 0:20:11编辑 6park.com

贴主:苦难与荣耀于2020_06_09 0:46:20编辑
贴主:苦难与荣耀于2020_06_09 13:47:36编辑
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