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在日本，有8个实验室正在对病毒进行全基因组测序，将新的序列上传到全球倡议，以共享所有流感数据公共数据库。目前的研究重点是日本关东地区13家医院测序数据的谱系总结，包括198个样本。研究表明，这些菌株大多属于两个密切相关的系，即B.1.1.284和B.1.1.214。在198个菌株中，96%来自20B，其中52%来自B.1.1.284，32%被归类为B.1.1.214。这两个谱系有六个核苷酸差异，在GISAID上来自日本的9,900多个序列中，有4,000和1,000个以上。 6park.com
然而，奇怪的是，一名医院新冠肺炎感染患者携带了一株属于B.1.346系的菌株，属于第20C类。研究人员在GISAID数据库中发现了属于这一谱系的159个序列，其中大多数来自美国西部。现有数据显示，20C最后一次出现在日本是在2020年3月和5月，此后除非在被隔离的个人身上消失。