要探討複雜的科學議題，除了精確嚴謹的邏輯思維之外，也必須對相關事實有專業級廣汎而深入的掌握，對觀測和實驗結果所含的隱性誤差和假設有徹底的瞭解，並且明白專業用語的確實定義，否則外行人想當然爾，要排除自己的主觀偏見，進而做出正確的邏輯推論，基本是不可能的。
新冠疫情的起源，正是如此的複雜專業議題。由於疫情影響極度嚴重，而科學上的研究探討卻仍處於早期階段，各式各樣互相矛盾的説法以及行内專家的主觀臆測充斥媒體版面，一般人自然無所適從，不能取得完整的大局觀。剛好傳染病學史上有一個很類似的案例，在經過許多專家的努力發掘和激烈爭辯之後，纍積了相當豐富的事實根據，而且沒有受到國際地緣政治需要的扭曲左右，依舊花了20多年才蓋棺論定。我想在這裏簡單介紹這段研究的歷史；華語世界的讀者沒有切身的主觀成見，就更方便大家客觀參考案例中的推理過程。
這個老傳染病，就是梅毒（Syphilis），其病原體是梅毒螺旋體（Treponema pallidum），它是一種細菌，但是因爲針對感染哺乳類高度優化，省略掉了很多基因，所以無法在寄主細胞外很好地存活，在這個特性上類似病毒。T.pallidum能導致好幾種疾病，除了梅毒之外，還包括Yaws（熱帶肉芽腫）和Bejel（貝耶病），它們不是性病，而是接觸傳染的皮膚病，流行於赤道非洲；另一類皮膚病Pinta則發生在中美洲。T.pallidum因此可以被歸類為四個亞種。
歷史記錄上第一個梅毒流行疫情，發生在1494年年底，當時法軍圍攻意大利半島的Naples王國，雙方的部隊都以傭兵爲主，營區裏混雜著商販和妓女。梅毒從法軍（含相當數目來自西班牙的士兵）營地起始，很快一發不可收拾，隨即被當地人稱爲“法國病”。然而梅毒的病例，其實在1493年就在西班牙的港口城市被一位資深的醫生記錄並研究，他認定這是一種全新的性病。更早一年，哥倫布的船醫在加勒比海的島嶼觀察到土著普遍有Pinta，然後在回程途中，記錄到西班牙籍船員也顯現出同樣的病症。後世的考古學家，又開挖了許多加勒比海沿岸早於1492年的墓葬，在骨骸和牙齒上一再發現T.pallidum的病徵，所以主流歷史學家把這些證據點連起來，獲得梅毒來自美洲的結論，這被稱爲“Columbian Theory”。
到了1990年代，學術界開始有了反對意見。其後20多年，異見派學者在希臘、奧地利和英國發現了若干早於1492年的骸骨，也同樣具有T.pallidum的病徵。再加上梅毒的症狀多變，很容易被誤診，尤其是和麻瘋類似；而歐洲歷史上有些對麻瘋疫情的描述，以現代醫學的知識來看，反而更像梅毒。傳染病史學家把梅毒源自歐洲本土的學説，稱爲“Pre-Columbian Theory”；它說1494年的疫情爆發於哥倫布囘國後一年，純屬巧合，而各地的醫生對其陌生，是因爲歐洲的活版印刷術是1440年代才發明的，所以更早的病例往往沒有被詳細精確地記錄和傳播。
雖然Pre-Columbian Theory的支持者一直鍥而不捨，但卻沒有説服大多數的歷史學家，這是因爲不但他們所列出證據的質和量都不如主流派，論證的邏輯也漏洞百出：首先，梅毒在1494年後的大流行，範圍極廣、歷時甚長，一直到17世紀，法國國王Louis IV還因爲慢性梅毒而成了癩痢頭（Syphilitic Alopecia），只好戴假髮來遮掩，這是近代歐洲男性貴族戴假髮的濫觴。幾年後英國國王Charles II同病相憐，於是也引進男用假髮，至今仍是英系法庭的標配（參見香港）。如果真如Pre-Columbian Theory所説，傳染力極强的梅毒在1494年之前就在歐洲流行，怎麽可能在印刷術發明後的50多年間都沒有任何記錄？1495年前後，幾千名在港口城市（亦即有許多水手出入停留的地方）執業的醫生怎麽會異口同聲說這是一個全新的疾病？
Pre-Columbian Theory說，早期歐洲的梅毒病例被誤診為其它疾病，特別是麻瘋。但是1494年開始的梅毒，毒性極强，短期致死率達到近30%，歐洲既有的類似疾病，沒有一個能望其項背；例如麻瘋的致死率就低了近一百倍。梅毒在歐洲流行了幾十年之後，毒性才慢慢減弱，致死率跟著下降了一個數量級。我以前曾經解釋過，流行性傳染病的病原體，是在和寄主共同演化，所以隨著時間流逝而纍積的小突變，一般會使得傳染力上升，而致死率下降。17世紀之後已經軟化（Mellow）過的梅毒，或許還可能被誤認為麻瘋；但是15世紀末剛出現時的梅毒毒性極强，如果此前在歐洲傳播，怎麽會被混肴呢？
其實從1494年版梅毒的傳染力和致死率雙高的現象，就可以推斷T.pallidum在那之前不久，剛剛經過了一個重大的突變，所以現代所謂的梅毒，必然是一個全新的亞種，任何此前的版本，都不是完全相同的疾病。這種重大的突變隨機發生的機率很小，一般是被環境變化所壓迫，必須跳躍生態，才不得已而為之。如果像Pre-Columbian Theory所説，梅毒自古就在歐洲流行，那麽千百年都沒有發生的突變，在沒有明顯外因的背景下，剛好在哥倫布的船隊引進了美洲版的同種病菌之後，就忽然爆發，這樣的巧合實在太極端。反之，美洲版的T.pallidum是為熱帶環境下肢體赤裸、皮膚經常隨機接觸而優化的，一旦被帶回陰冷的歐洲，傳統的傳染方式被阻斷，在演化上就會有强大的轉型壓力。
到了21世紀，基因分析成爲廉價方便又可靠的演化歷史研究工具（亦即Phylogenetic Network Analysis，譜系學網絡分析），於是就有學者用它來驗證梅毒的起源理論。先是在2008年（參見https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2217670/），證實了現代所有的梅毒病例都源自15世紀的同一個祖先，然後在2016年（參見https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27918528）確認了那個祖先來自美洲。至此，爭論了20多年的梅毒起源問題，終於塵埃落定：歐洲殖民者帶給印第安人許多致命的病原體，印第安人的確以直報怨了一次。
同樣的邏輯，也完全適用於新冠病毒：從2019年底爆發傳染力/致死率雙高的疫情，可以推斷在那之前不久，剛剛發生一個重大的突變；任何此前的冠狀病毒版本，不論是人傳人，還是以某種野生動物為中間寄主，都不是和新冠完全相同的疾病。當然，後者可能性更大，因爲跳躍物種才像是會引發這類重大突變的演化壓力。不論如何，對科學真相的探求，不應該受政治上權宜考慮而影響；如果在公關上必須做誤導，也只是針對敵方，知識分子永遠都須要對自己保持100%的誠實。