朱元璋突然发动了蓝玉案，蓝玉恍然大悟，知道了朱元璋早就想杀自己。
明知自己必死无疑，蓝玉也不再多做无用挣扎，对给他安上去的种种罪名全都一口承认下来。但是，蓝玉并不甘心自己一个人送死，他想起了当年胡惟庸案的情况。

胡案爆发在洪武十三年（1380年），但持续到蓝玉案爆发的洪武二十六年，胡案还没有真正了结。由于胡案的罪名是“通蒙”，故此就在他取得捕鱼儿海大胜之后，后来清点北元留下来的官方文件时，清点人报告称，还在这些文件当中发现有胡惟庸与北元皇帝暗通消息的信函。这些显然都是捏造，但朱元璋却不断借此大做文章。蓝玉这时也明白朱元璋的用意是什么了，索性给朱元璋送上一份大礼，供出自己的同犯多人，其中还包括参与审理胡惟庸案，害死李善长的吏部尚书詹徽。
于是在洪武二十六年，也就是公元1393年的春天，涉及蓝玉一案的人纷纷被朱元璋处以极刑，蓝玉在三月二十二日被处死，死后剥下完整人皮，用草填充之后，送往各地示众。这一次处决的人数可能有2万人以上。
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正如胡惟庸案的旷日持久，蓝玉案也持续了数年，把很多无关人员卷入。其中最为可怜的就是傅友德与冯胜两名将领。作为蓝玉之后，军中硕果仅存的两位老将，他们当然逃不出朱元璋的手心。只不过这两个人都是行事谨慎低调之辈，自明朝建国之后，两人在多次政治风浪中都能顺利过关。
这一次，起初两人本来都已过关，蓝玉三月下旬被杀，两人四月即被调离京师，前往北平助燕王训练军队，离开了是非之地。但不杀他二人，朱元璋终究不能放心，终于在洪武二十七年（1394）底处死傅友德一家，又在洪武二十八年（1395）处死冯胜一家，两人先后被杀，时间仅隔两月而已。
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其中冯胜被杀的理由最为可笑。据说只是发现冯胜在自家打谷场中埋了几个瓦瓮，他的亲戚跑去密告，说冯胜私藏武器，故此也当作蓝玉一党而遭灭门之祸。作为最后一个被杀的老将，冯胜深谙朱元璋的为人，在其军事行动中不断采取自污以保身的做法，大错不犯，小错不断，让外人以为他就是个唯利是图的贪鄙之辈，以求保全自身，最终仍然没能逃过此劫。

朱元璋终于顺遂心意，把跟随自己打天下的全部功臣宿将都一个接一个地处决掉了，以为皇太孙朱允炆的天下就算坐稳当了。可是他想不到的是，就是他委以北边军事重任的四子燕王朱棣，在他过世之后起兵发动了“靖难之役”，以北边精兵夺取了皇帝之位，而他的孙子朱允炆却再无习兵之将以迎战了。
如果对捕鱼儿海之役之后的这一时期做一简要总结的话，可以看出洪武二十五年（1392年）以后的明朝与蒙古，各自陷入了残酷的内部斗争之中。边境上硝烟暂息，预示着明蒙关系一个新阶段的到来。

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