诸葛亮有许多优点，以至身后两千多年，一直为人称道，成为文人的楷模。不过，任何人和事物都有两面性，受当时客观环境和历史条件的种种限制，诸葛亮也有严重的缺点，其中最主要的就是在选人用人方面。
荆州， 历来是兵家必争之地。特别是对于据有巴蜀的蜀汉政权，荆州更是东出中原争夺天下的门户和跳板。为此，镇守荆州战略意义极其重要。
关羽虽然文武兼备，骁勇绝伦，天下无匹，但他性情孤傲，缺乏战略头脑，并不是镇守荆州的最佳人选。但在委派关羽守荆州这件事上，诸葛亮并没有加以劝止。

建安十九年，刘备平益州，虎将西凉马超投诚。刘备喜出望外，封其为平西将军，位同关羽。远在荆州的关羽闻之极为不满，当即写信质问诸葛亮：“超人才可谁比类？”诸葛亮回信答：“孟起兼资文武，雄烈过人，一世之杰，黥彭之徒，当与益德并驱争先，犹未及髯之绝伦逸群也。”信中诸葛亮明白无误地告诉关羽——“你是天下第一，无人能与你媲美。”关羽阅信后，不仅洋洋自得，还将信拿给众人看。
不管诸葛亮当时是如何考虑的，这封信无疑是在一定程度上纵恿了关羽的骄傲思想，给关羽骄火加油的作用是毋庸置疑的，促使关羽的头脑越来越热，发动了襄樊之役。虽然此战役水淹七军，威震华夏，但它的直接后果是导致荆州丢失。
当孙权向关羽提出结成儿女亲家时，关羽不同意也就罢了，但破口大骂，侮辱东吴的提亲来人。关羽的行径引起孙权大怒，不久东吴偷袭荆州，关羽兵败被杀。刘备为了替关羽报仇，又起兵伐吴，从而破坏了蜀国与东吴的联盟，其结果，不但荆州没有夺回来，张飞、刘备的先后丧命，很大程度地造成了蜀汉事业的失败。
“骄兵必败”诸葛亮是深知其理的，但在关羽这件事上，诸葛亮却丝毫不曾加以制止？恐怕一是碍于刘备面子，二是怕刺伤了关羽的自尊心。
失街亭，诸葛亮也有用人不当之处。 公元228年诸葛亮统率大军三十万北出祁山，对魏国进行攻势作战。曹魏组织二十万大军迎击。在先后攻占了南安、天水、安定三郡，大有一举出陇兼并关中之势。但在关键性的街亭一战，前军主将马谡不顾实际条件，坚持本本主义，引经据典，肆意孤行，违反节度，举动失宜，结果大败于魏军。由此形势急转直下诸葛亮不得不甘冒一场“空城计”的风险，最后抱憾退回汉中。 6park.com

对于马谡这个人，刘备认为：“言过其实，不可大用。”而诸葛亮评价为“匡世奇才”。据史载：马谡自幼熟知兵法，才气过人。诸葛亮十分敬重他，行军打仗，二人常常促膝长谈，彻夜谋划。客观讲，马谡是一个难得的高级参谋和战略型人才，为诸葛亮提供了很多的好的战略战策。
镇守街亭，完全可以让老将魏延、吴懿、赵云等人担当，但诸葛亮明知马谡缺少一线的经验，却不顾众人的反对，私心作祟，违反常规，硬要马谡这个参谋型人才去一线带兵打仗。结果导致人才严重错位，街亭为魏将张郃所破，诸葛亮不得不上演了一出挥泪斩马谡的悲剧。
魏延一生活动于军旅之中，功绩显赫在入蜀以后。刘备知人善任，拔他独当一面镇守蜀汉的北大门汉中，使关中之敌不敢南攻，保卫了蜀中安全，成就了魏延平生最光辉的一页。
刘备死后，魏延随诸葛亮多次出征，连战皆捷。诸葛亮刚死，蜀军内部便发生了魏延与杨仪的火并事件。魏延不幸丧身，还蒙上了千百年来的“叛逆”罪名。

魏延与杨仪的矛盾，归咎于诸葛亮的处理不当，用人有失。诸葛亮是深知二人之间的矛盾，但出于爱惜杨仪的才和魏延的骁勇，而对二人的矛盾听之任之，难作彻底处理。这种和稀泥、坐而不管、不作为的作法，只能是表面上的改观，骨子里的矛盾却有增无减。
魏延对诸葛亮也抱有意见。当年魏延请从子午谷出兵直捣长安，同时诸葛亮绕道西出祁山，两路夹击可以取得打败曹魏。但诸葛亮不同意他的计谋，令魏延认为诸葛亮“胆怯”，深恨己才用之不尽
刘备死后诸葛亮重用董允、费祎、马谡、杨仪、蒋琬等二流人物，而不重用魏延、马超、廖立、李严等一流人才，不能不说气度有所偏窄。诸葛亮不是不知道魏延的才干，只是怕魏延的能力充分发挥后不好管理，所以常常否定魏延提出的计谋，并如同训斥小孩一样他。
因此，诸葛亮尸骨未寒就发生了内讧，蜀汉元气大伤。