根据双卵模型，新物种的产生是染色体大突变的结果，这并不是所有染色体突变都会造成新物种的产生，但新物种的产生一定是由染色体大突变引起的，
因为染色体大突变才会使精子和卵子的染色体在受精卵的联会时发生错误。 如果这个理论是正确的，那么不同物种的染色体之间就会有明显的区别，而科学的发现正是如此。
染色体数量的改变只是染色体结构改变的一种， 是其中的一小部分，它的变化最明显，容易为人们识别，还有很多其它的变化，不宜为人们识别，如染色体的易位、扩增、缺失，等等，这些改变就当需要比较高级的染色技术和分辨率更高的显微镜才能发现。

超过 95％生物染色体在显微镜下都有独特的结构。
而显微镜的分辨率是 1-2 百万个碱基对， 有一些生物的染色体在显微镜下原来没有明显的区别，但随着染色技术的改进，人们又发现了染色体水平上的区别。
根据双卵模型，所有不同物种的两性生物都有染色体的不同，也就是说染色体结构相同生物就是一个物种。
染色体结构相同并不是说同一种生物中不同个体的染色体是百分之百地一样，它们之间多少会有些区别。
这是因为新生物经过“双卵模型”产生后，每个个体再产生时，染色体就会经过多次自我复制，在这个过程中，多多少少会产生一些变异，但它们还都带有新物种的共同特点。打个比方，有一个生物 A，它有
4 对染色体，它的一号染色体丢失了了一段染色体，以双卵模型的方式成为了不同的物种。 在产生下一代时，新物种的染色体在在自我复制时，会产生一些变异，但它们还是与原来的物种不同，都带有一号染色体的缺失。
这就是它们与原物种之间共同的区别。 
即使染色体数量相同，但结构不同，它们也是完全不同的生物。人有46 条染色体，南非的黑貂羚羊（Sable Antelope）和山羌（Reeves's
Muntjac）也是 46 条染色体，但它染色体结构与人的有明显的不同。
所有不同种的两性生物都有染色体结构上的区别， 也就是说如两物种生物间染色体结构上没有普遍存在的区别，
那它们就是同一种生物，他们个体间的配子如有机会交配，就能产生有生育能力的子代，亚种就是这样。它们形态上可能有明显的区别，但没有染色体结构上普遍的区别， 它们还是同一种生物。
我这里强调的是不同种的生物绝不会有相同结构的染色体，而并不是说有不相同结构染色体的生物一定是不同物种，
有些物种有两种或两种以上结构的染色体。 一种生物发生结构的改变之后，仍可和原种之间还可交配，生出健康可生育的子代。 那么，他们还是同一个物种。 但不同的物种的染色体的数量或结构一定是不同的。